In 9 Schritten von der Excel-Tabelle zur digitalen Gefriergutverwaltung

Warum das Gefriergutinventar das Letzte ist, was Labore digitalisieren

Die meisten Labore übertragen ihre Versuchsnotizen schon lange vor der Arbeit an den Tiefkühlgeräten in ein elektronisches System. Die Inventarisierung der Tiefkühlgeräte ist die größere Herausforderung: Tausende von Boxen, eine Master-Tabelle, die von drei Personen gleichzeitig bearbeitet wird, halb beschriftete Röhrchen von Studenten, die schon vor Jahren ihren Abschluss gemacht haben, und niemand hat einen Monat Zeit, um Ordnung zu schaffen.

Vor einiger Zeit ging ich durch ein Biotech-Labor mit 14 vollen Tiefkühlgeräten, jedes mit etwa 80.000 Proben, insgesamt also rund 1,1 Millionen. Viele der Personen, die diese Proben erstellt hatten, hatten das Unternehmen bereits verlassen, sodass der Laborleiter ehemalige Kollegen anschreiben musste, um zu erfahren, was sich in den Boxen befand und ob davon überhaupt noch etwas von Bedeutung war. Nachdem das Inventar sortiert war, entschied das Team, dass etwa ein Drittel der Sammlung entsorgt werden konnte: rund 373.000 Proben, was dem Inhalt von 4,6 Tiefkühlgeräten entsprach. Sie brauchten keine neuen Tiefkühlgeräte. Sie mussten wissen, was sie hatten.

Eine solche Bereinigung ist sinnvoll, muss aber sorgfältig durchgeführt werden. Manche Proben sind unersetzlich, und für andere gelten Zustimmungs-, Vereinbarungs- oder Aufbewahrungsbedingungen, die bei einer überhasteten Aktion leicht übersehen werden. Der unten beschriebene Schritt zur Eigentumszuweisung ersetzt diese Regel.

Die gute Nachricht ist, dass Sie die Migration nicht alleine planen müssen. Mit SciSure arbeitet unser Customer Success Team im Rahmen der Implementierung mit Ihnen an der Datenmigration – von der Aufbereitung Ihrer Tabellen in ein importfähiges Format bis hin zur Überprüfung des ersten Testimports. Die LIMS-Funktionen (Laboratory Information Management System) von SciSure sind genau für diese Art von Inventar ausgelegt: Zelllinien, Gewebe, DNA, Proteine, Verbindungen und andere Forschungsproben, die Sie für Ihre Experimente verwenden, erzeugen und für spätere Zwecke aufbewahren.

Dieser Leitfaden richtet sich an Laborleiter, Leiter des Forschungsbetriebs, PIs (Principal Investigators) und Mitarbeiter von Zentraleinrichtungen an Universitäten, in Biotech-Unternehmen und in der pharmazeutischen Forschung und Entwicklung, die ihr Bestandsinventar aus Tabellenkalkulationen in ein neues System überführen möchten.

Schritt 1: Sammeln Sie alle Quellen Ihrer Inventardaten

Bevor Sie irgendetwas planen, finden Sie heraus, wo sich Ihr Inventar tatsächlich befindet. Es ist selten nur eine einzige Datei. Suchen Sie nach:

• Der Master-Tabelle sowie allen persönlichen Kopien und alten Versionen
• Tiefkühlplänen und Box-Listen, die an den Türen der Geräte kleben
• Exporten aus älterer Software oder einem früheren LIMS
• Papiernotizbüchern mit Probenlisten
• Den Personen, die „einfach wissen“, wo sich die Dinge befinden

Führen Sie alles in einem Arbeitsordner zusammen und ernennen Sie einen Migrationsleiter. Eine Person sollte für den Zeitplan, die Entscheidungen und die endgültige Abnahme verantwortlich sein, unterstützt von einer kleinen Gruppe aus Forschern, einem Laborleiter sowie jemandem aus der IT oder dem Forschungsrechenzentrum.

Schritt 2: Definieren Sie Ihre Pflichtfelder

Dieser Schritt entscheidet über Erfolg oder Misserfolg der Migration. Wenn Sie Datensätze importieren, bei denen ein Eigentümer oder ein Lagerort fehlt, haben Sie das Chaos lediglich in ein neues System verlagert.

Legen Sie fest, welche Mindestangaben jeder Probendatensatz enthalten muss:

Fügen Sie anschließend typspezifische Felder hinzu, wo diese relevant sind: Passagennummer bei Zelllinien, Konzentration bei DNA und Proteinen, eine Elternprobe bei Aliquots, einen Verweis auf eine Einverständniserklärung oder eine Materialtransfervereinbarung (MTA) bei menschlichem Material sowie Verfallsdaten bei chemischen Verbindungen.

In SciSure fungiert jeder Probentyp als wiederverwendbare Vorlage. Sie können Felder als Pflichtfelder markieren, Dropdown-Menüs anstelle von Freitext verwenden, Validierungen und automatische Nummerierungen hinzufügen sowie zusätzliche Felder nur bei Bedarf einblenden. Genau diese Struktur verhindert, dass in Ihrem neuen System erneut eine Tabellenkalkulations-Mentalität entsteht.

Schritt 3: Dubletten vor dem Import bereinigen

In Tabellenkalkulationen sammeln sich unbemerkt Dubletten an. Die üblichen Verdächtigen:

• Dieselbe Probe in zwei verschiedenen Tabellenblättern, oft mit leicht abweichenden Namen oder Daten
• Zwei Röhrchen, die denselben Lagerplatz beanspruchen, was meist bedeutet, dass ein Datensatz fehlerhaft ist
• Aliquots, die als unabhängige Proben erfasst wurden ohne Rückverknüpfung zur Elternprobe
• Inkonsistente Formatierung wie etwa „HEK 293“, „HEK293“ und „hek-293“ oder Datumsangaben in drei verschiedenen Formaten

Sortieren Sie zuerst nach Lagerort, um Platzierungskonflikte zu finden, und vereinheitlichen Sie dann Namen, Einheiten und Datumsformate. Wenn Sie echte Dubletten finden, führen Sie diese zusammen und notieren Sie, was zusammengeführt wurde. Löschen Sie keine Aliquots, die wie Dubletten aussehen; erfassen Sie diese stattdessen als untergeordnete Proben der Elternprobe. SciSure verfolgt Eltern-Kind-Beziehungen, sodass die Abstammung auch nach der Migration nachvollziehbar bleibt.

Schritt 4: Verantwortlichkeiten durch einen Prüf- und Freigabeprozess bestätigen

Jede Probe benötigt einen verantwortlichen Eigentümer, bevor sie migriert wird. Proben ohne klare Zuständigkeit führen zu den schwierigsten Entscheidungen – etablieren Sie daher einen ordnungsgemäßen Prozess, anstatt nur eine Frist zu setzen.

1. Erstellen Sie eine Liste nicht zugeordneter Proben.
   Listen Sie nach dem ersten Durchgang alle Proben auf, für die es keinen Eigentümer gibt, deren Eigentümer das Unternehmen verlassen hat oder deren Inhalt niemandem bekannt ist.
2. Teilen Sie diese Liste mit den leitenden Wissenschaftlern (PIs) und Gruppenleitern.
   Setzen Sie eine klare Frist für die Rückmeldung. Diese dient der Überprüfung, nicht der automatischen Entsorgung.
3. Prüfen Sie vor einer Entscheidung auf mögliche Einschränkungen.
   Material menschlichen Ursprungs kann an Einwilligungserklärungen gebunden sein. Manche Proben unterliegen MTAs, ethischen Genehmigungen, biosicherheitstechnischen Registrierungen, Publikations- oder IP-Sperren (geistiges Eigentum) oder Aufbewahrungsrichtlinien.
4. Wählen Sie eines von vier Ergebnissen.
   KBehalten und neu zuweisen, zur weiteren Prüfung zurückstellen, an eine andere Gruppe übertragen oder entsorgen.
5. Holen Sie eine Freigabe für die Entsorgung ein.
   Diese sollte vom PI oder Laborleiter sowie gegebenenfalls von der Biosicherheits- oder EHS-Abteilung (Umwelt, Gesundheit und Sicherheit) stammen, sofern dies von Ihrer Einrichtung vorgeschrieben ist.
6. Dokumentieren Sie die Entscheidung, bevor Sie handeln.
   Aktualisieren Sie den Datensatz und entsorgen Sie die Proben anschließend gemäß den Abfall- und Biosicherheitsrichtlinien Ihrer Einrichtung.

Wenn Ihre Organisation eine formelle Sammlung verwaltet, sind die ISBER Best Practices for Repositories der International Society for Biological and Environmental Repositories eine nützliche Referenz für die Erstellung Ihrer Aufbewahrungs- und Entsorgungsrichtlinie.

Schritt 5: Bilden Sie Ihre Lagerstruktur physisch ab

Ihre digitale Lagerstruktur sollte genau dem entsprechen, was man beim Öffnen der Gefriertruhe sieht. Gehen Sie die Geräte durch und notieren Sie die Hierarchie für jede Einheit: Gebäude und Raum, Gefriergerät oder Stickstofftank, Regalboden, Gestell, Box und Position.

Ein paar Regeln erleichtern den Import erheblich:

• Verwenden Sie eine einheitliche Namenskonvention für alle Gefriergeräte und Gestelle und beschriften Sie die physischen Einheiten entsprechend
• Nummerieren Sie die Boxpositionen konsistent (A1 bis I9 oder 1 bis 81) und wandeln Sie diese in Zahlen um, falls Ihr Import dies erfordert
• Kennzeichnen Sie gemeinsam genutzte Geräte oder Zentrallager frühzeitig, da mehrere Gruppen Zugriff benötigen werden
• Notieren Sie alle Einheiten, die demnächst ausgemustert werden, damit Sie diese nicht doppelt erfassen

SciSure bildet Gefriergeräte, Kühlschränke, Stickstofftanks und Schränke als Lagereinheiten mit Ebenen aus Regalböden, Gestellen und Boxen ab. Sie können einmalig eine Vorlage erstellen, Fächer in großen Mengen anlegen und Boxen reservieren, damit niemand anderes einen Platz belegt, in den Sie gerade noch migrieren.

Schritt 6: Führen Sie einen Pilotimport für ein Gefriergerät oder ein Gestell durch

Wählen Sie ein Gefriergerät oder ein Gestell aus, das Ihr typisches Chaos widerspiegelt: verschiedene Probentypen, einige alte Datensätze, ein paar ehemalige Besitzer. Dann:

1. Erstellen Sie die Importdatei für diese Einheit, eine Datei pro Probentyp
2. Importieren Sie die Daten und überprüfen Sie die Einträge im System: Anzahl, Positionen, Besitzer und Feldformate
3. Öffnen Sie das Gefriergerät und prüfen Sie stichprobenartig einige Boxen anhand der neuen Datensätze
4. Korrigieren Sie die Vorlage und Ihre Bereinigungsregeln basierend auf den aufgetretenen Fehlern

Gehen Sie davon aus, dass der Pilotversuch Probleme aufdeckt, die Sie nicht eingeplant haben. Genau das ist der Sinn der Sache. Es ist wesentlich günstiger, eine Vorlage nach 300 Datensätzen anzupassen als nach 30.000. Halten Sie Ihre Erkenntnisse fest; sie werden zur Standardarbeitsanweisung (SOP) für alle weiteren Wellen.

Schritt 7: Importieren Sie in Wellen und legen Sie ein Umstellungsdatum fest

Sobald der Pilotversuch erfolgreich ist, migrieren Sie den Rest in Wellen: ein Gefriergerät, eine Gruppe oder ein Probentyp nach dem anderen. Priorisieren Sie dabei aktive Projekte, unersetzliche Materialien und gemeinsam genutzte Gefriergeräte.

Legen Sie für jede Welle ein Umstellungsdatum fest. Ab diesem Tag ist die Tabelle für das jeweilige Gefriergerät schreibgeschützt und neue Proben werden direkt in SciSure erfasst. Wenn Sie beides länger als ein paar Tage parallel führen, driften die Datensätze unweigerlich wieder auseinander.

Schritt 8: Abgleich nach jedem Import

Der Abgleich schafft Vertrauen in das neue System. Nach jeder Datenwelle:

• Vergleichen Sie die Anzahl pro Box und Gefrierschrank zwischen der Quelldatei und den importierten Datensätzen
• Bereinigen Sie die Liste der nicht spezifizierten Standorte damit jede Probe einen festen Platz hat
• Führen Sie Stichproben durch indem Sie eine festgelegte Anzahl von Boxen pro Gefrierschrank öffnen und mit den Datensätzen abgleichen
• Bitten Sie die Eigentümer um Bestätigung ihrer eigenen Proben; sie erkennen Fehler schneller als jeder andere
• Korrigieren Sie in großen Mengen mit der Stapelaktualisierung von SciSure, anstatt Datensätze einzeln zu bearbeiten

Wenn die Zahlen übereinstimmen und die Eigentümer ihre Freigabe erteilt haben, archivieren Sie die Tabelle als schreibgeschützte Datei. Bewahren Sie sie als Referenz auf, aber verwenden Sie sie nicht mehr aktiv.

Schritt 9: Halten Sie den Bestand nach dem Go-live aktuell

Eine Migration zahlt sich nur aus, wenn die Daten korrekt bleiben. Drucken Sie Barcode-Etiketten, während Sie Boxen bearbeiten, und nutzen Sie die mobile App von SciSure, um Proben zu scannen, ein- und auszuchecken sowie Standorte direkt am Gefrierschrank zu aktualisieren. Verknüpfen Sie Proben mit den Experimenten, in denen sie verwendet oder erstellt werden, damit sich ihre Historie automatisch aufbaut. Planen Sie jedes Quartal eine kurze Prüfung eines Gefrierschranks ein.

Feiern Sie auch die Meilensteine. Wissenschaftler halten selten inne, um Fortschritte zu würdigen, und eine Migration ist ein langes, wenig glamouröses Projekt. Wenn der erste Gefrierschrank fertig ist, kommunizieren Sie das. Danken Sie den Personen, die die Arbeit geleistet haben.

Wofür SciSure am besten geeignet ist

SciSure ist besonders stark bei der Nachverfolgung wertvoller Forschungsmaterialien in der Kühlkette: Proben, die in Experimenten verwendet werden, Proben, die während Experimenten entstehen, und Proben, die für zukünftige Arbeiten gelagert werden. Dies umfasst Zelllinien, Gewebe, DNA, Proteine, Verbindungen und ähnliche Materialien in Universitäten, Biotech- und Pharma-Forschungslaboren.

Einige Labore verfolgen in SciSure auch Reagenzien und Verbrauchsmaterialien, was neben der Probenverwaltung gut funktioniert. Wenn Ihr Hauptproblem jedoch in der Beschaffung, dem Lieferantenmanagement und der Bestandsauffüllung liegt, ist ein spezialisiertes Beschaffungstool wahrscheinlich die bessere Wahl.

Wie Euroimmun US die Probenverwaltung von Tabellenkalkulationen auf SciSure umstellte

Euroimmun US, ein Unternehmen von Revvity, unterstützt Teams in den Bereichen Scientific Affairs, Qualitätskontrolle, Vertrieb und technischer Support. Vor der Einführung von SciSure verwaltete das Technical-Operations-Team seine Proben mit Excel und dem Wissen der Mitarbeiter. Mit steigenden Probenmengen verteilte sich der Status einer einzelnen Probe oft auf mehrere Versionen derselben Datei, was die Zuverlässigkeit des Inventars erschwerte.

Nach dem Wechsel zu SciSure verbesserte das Team die Organisation und den Abruf von Proben, was zu folgenden Ergebnissen führte:

• Das Risiko, die falsche Probe zu entnehmen, wurde gesenkt,
• unnötige Gefrier-Tau-Zyklen wurden reduziert,
• der Energieverbrauch der Kühlgeräte sank durch schnellere Entnahmevorgänge (da die Gefrierschranktüren kürzer geöffnet blieben)
• und das Team konnte trotz steigender Probenanfragen aus dem gesamten Unternehmen schlank bleiben, wobei die Such- und Filterfunktion zur meistgenutzten Anwendung wurde.

Kiprian Gernat, Internal Application Scientist, sagt, die Plattform habe „den Zeit- und Ressourcenaufwand für alle probenbezogenen Aktivitäten drastisch reduziert.“

Häufig gestellte Fragen

Wie lange dauert die Migration eines Gefrierinventars aus Tabellenkalkulationen?

‍Das hängt von der Anzahl der Proben, der Anzahl der Quellen und der Datenqualität ab. Die Bereinigung und die Klärung der Zuständigkeiten dauern in der Regel länger als der eigentliche Import. Ein Pilotprojekt für einen Gefrierschrank liefert Ihnen eine realistische Einschätzung für den Rest.

Müssen wir unsere Daten vor dem Import bereinigen?

‍Ja. Füllen Sie mindestens die Pflichtfelder aus, bereinigen Sie Duplikate und Positionskonflikte und bestätigen Sie die Verantwortlichen. Der Import unsauberer Daten verlagert das Problem nur in ein neues System und erschwert die spätere Korrektur.

Was sollen wir mit Proben tun, für die sich niemand zuständig fühlt?

‍Unterziehen Sie diese einem Prüf- und Freigabeprozess. Teilen Sie die Liste mit den leitenden Wissenschaftlern (PIs), prüfen Sie Einverständniserklärungen, MTAs, ethische Aspekte, Biosicherheit sowie Aufbewahrungsbedingungen und holen Sie vor der Entsorgung eine Freigabe ein. Eine starre „Nach einem Monat entsorgen“-Regel birgt das Risiko, unersetzliches Material zu verlieren.

Können wir Proben importieren, die Mitarbeitern gehören, die das Unternehmen verlassen haben?

‍Ja. In SciSure können Importe auf Konten ehemaliger Nutzer verweisen, sodass der ursprüngliche Ersteller im System erhalten bleibt. Sie können diese Proben anschließend einem aktiven Besitzer zuweisen oder sie archivieren.

Unterstützt SciSure bei der Datenmigration?

‍Ja. Die Onboarding- und Customer-Success-Teams von SciSure unterstützen bei der strukturierten Datenmigration aus Tabellenkalkulationen, Altsystemen und Papierunterlagen. Der genaue Umfang hängt von Ihrer Implementierung und Ihrem Plan ab – sprechen Sie uns während der Evaluierung einfach darauf an.

Können wir in SciSure auch Reagenzien und Verbrauchsmaterialien nachverfolgen?‍

Ja, zusätzlich zu Ihren Proben. SciSure ist besonders stark bei der Nachverfolgung von Forschungsproben in der Tiefkühllagerung; wenn Einkauf und Bestandsauffüllung Ihre Hauptanforderungen sind, sollten Sie die Kombination mit einem Beschaffungstool in Betracht ziehen.

Sollten wir Proben vor oder nach der Migration mit Barcodes versehen?‍

Gehen Sie dort, wo es sinnvoll ist, zweigleisig vor. Bestehende Barcodes können importiert werden, sofern jeder einzelne eindeutig ist. Für unbeschriftetes Material generieren Sie während der Migration IDs und drucken die Etiketten, sobald Sie die jeweilige Box bearbeiten.

Wenn das nach der Art von Migrationsunterstützung klingt, die Sie benötigen, nehmen Sie Kontakt mit uns auf. Wir zeigen Ihnen, wie wir Ihr Labor digitalisieren – Probe für Probe, mit kontinuierlicher Unterstützung weit über die Einrichtung hinaus.

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