Comment migrer un inventaire de congélateur depuis des feuilles de calcul en 9 étapes

Pourquoi l'inventaire des congélateurs est la dernière chose que les laboratoires numérisent

La plupart des laboratoires transfèrent leurs notes d'expérience dans un système électronique bien avant de toucher aux congélateurs. L'inventaire des congélateurs représente une tâche bien plus lourde : des milliers de boîtes, un tableur maître modifié par trois personnes, des tubes à moitié étiquetés par des étudiants partis depuis des années, et personne n'a un mois devant soi pour mettre de l'ordre là-dedans.

Il y a quelque temps, j'ai visité un laboratoire de biotechnologie équipé de 14 congélateurs pleins, contenant environ 80 000 échantillons chacun, soit 1,1 million au total. Comme beaucoup de personnes ayant créé ces échantillons avaient quitté l'entreprise, le responsable du laboratoire devait contacter d'anciens collègues par e-mail pour savoir ce que contenaient les boîtes et si tout cela était encore utile. Une fois l'inventaire trié, l'équipe a décidé qu'environ un tiers de la collection pouvait être éliminé : près de 373 000 échantillons, soit l'équivalent de 4,6 congélateurs. Ils n'avaient pas besoin de nouveaux congélateurs. Ils avaient besoin de savoir ce qu'ils possédaient.

Ce type de nettoyage est nécessaire, mais doit être effectué avec précaution. Certains échantillons sont irremplaçables, et d'autres sont soumis à des conditions de consentement, d'accord ou de conservation qu'une échéance trop courte pourrait occulter. L'étape de propriété ci-dessous remplace cette règle.

La bonne nouvelle, c'est que vous n'avez pas à planifier cette migration seul. Avec SciSure, notre équipe de Customer Success travaille avec vous sur la migration des données dans le cadre de la mise en œuvre, de la mise en forme de votre tableur pour l'importation jusqu'à la vérification du premier test d'importation. Les fonctionnalités LIMS (Système de gestion des informations de laboratoire) de SciSure sont conçues précisément pour ce type d'inventaire : les lignées cellulaires, tissus, ADN, protéines, composés et autres échantillons de recherche que vos expériences utilisent, créent et stockent pour plus tard.

Ce guide est destiné aux responsables de laboratoire, aux responsables des opérations de recherche, aux chercheurs principaux (PI) et au personnel des plateformes technologiques dans les universités, les entreprises de biotechnologie et les sites de R&D pharmaceutique qui souhaitent migrer un inventaire existant depuis des tableurs.

Étape 1 : Rassemblez toutes les sources de données d'inventaire

Avant de concevoir quoi que ce soit, identifiez où se trouve réellement votre inventaire. Il est rarement centralisé dans un seul fichier. Recherchez :

• Le tableur maître, ainsi que toutes les copies personnelles et anciennes versions
• Les plans de congélateurs et les registres de boîtes collés sur les portes des congélateurs
• Les exportations provenant d'anciens logiciels ou d'un précédent LIMS
• Les cahiers de laboratoire papier contenant des listes d'échantillons
• Les personnes qui « savent tout simplement » où se trouvent les choses

Regroupez tout dans un dossier de travail et nommez un responsable de migration. Une seule personne doit piloter le calendrier, les décisions et la validation finale, avec le soutien d'un petit groupe composé de chercheurs, d'un responsable de laboratoire et d'un membre de l'équipe informatique ou de calcul scientifique.

Étape 2 : Définissez vos champs obligatoires

C'est l'étape décisive de la migration. Si vous importez des enregistrements auxquels il manque un propriétaire ou une position, vous ne faites que déplacer le désordre dans un nouveau système.

Définissez les informations minimales requises pour chaque échantillon :

Ajoutez ensuite les champs spécifiques nécessaires : numéro de passage pour les lignées cellulaires, concentration pour l'ADN et les protéines, échantillon parent pour les aliquotes, référence de consentement ou d'accord de transfert de matériel (MTA) pour les prélèvements humains, et dates de péremption pour les composés.

Dans SciSure, chaque type d'échantillon fonctionne comme un modèle réutilisable. Vous pouvez définir des champs obligatoires, utiliser des menus déroulants plutôt que du texte libre, ajouter des validations et une numérotation automatique, et n'afficher les champs supplémentaires que lorsqu'ils sont pertinents. C'est cette structure qui empêche la création d'un nouveau tableur au sein de votre système.

Étape 3 : Supprimez les doublons avant l'importation

Les tableurs accumulent les doublons en toute discrétion. Les coupables habituels :

• Le même échantillon présent dans deux onglets, souvent avec des noms ou des dates légèrement différents
• Deux tubes occupant la même position dans une boîte, ce qui signifie généralement qu'un enregistrement est erroné
• Des aliquotes enregistrées comme des échantillons indépendants sans lien vers l'échantillon parent
• Un formatage incohérent comme « HEK 293 », « HEK293 » et « hek-293 », ou des dates présentées sous trois formats différents

Triez d'abord par emplacement pour détecter les conflits de position, puis harmonisez les noms, les unités et les formats de date. Lorsque vous identifiez de vrais doublons, fusionnez-les en conservant une trace de l'opération. Ne supprimez pas les aliquotes qui semblent être des doublons ; enregistrez-les plutôt comme des enfants de l'échantillon parent. SciSure assure le suivi des relations parent-enfant, garantissant ainsi la visibilité de la lignée après le transfert.

Étape 4 : Confirmez la responsabilité via un processus de revue et d'approbation

Chaque échantillon doit avoir un responsable identifié avant son transfert. Les échantillons sans responsable sont souvent à l'origine des décisions les plus complexes ; prévoyez donc un processus dédié plutôt qu'une simple date limite.

1. Établissez une liste des échantillons non réclamés.
   Après un premier tri, listez tous les échantillons sans propriétaire, dont le propriétaire est parti, ou dont le contenu n'est reconnu par personne.
2. Partagez cette liste avec les chercheurs principaux et les responsables de groupe.
   Fixez un délai de réponse clair. Ce délai est destiné à l'examen, pas à une élimination automatique.
3. Vérifiez les restrictions avant de prendre une décision.
   Les prélèvements d'origine humaine peuvent être soumis à des conditions de consentement. Certains échantillons sont couverts par des accords de transfert de matériel (MTA), des approbations éthiques, des enregistrements de biosécurité, des clauses de propriété intellectuelle ou de publication, ou des règles de conservation.
4. Choisissez l'une des quatre issues possibles.
   Kconserver et réaffecter, conserver en attente d'examen complémentaire, transférer à un autre groupe, ou éliminer.
5. Obtenez une autorisation pour l'élimination.
   Celle-ci doit provenir du chercheur principal ou du responsable de laboratoire, ainsi que du service de biosécurité ou d'hygiène, sécurité et environnement (HSE) si votre établissement l'exige.
6. Enregistrez la décision avant d'agir.
   Mettez à jour le registre, puis procédez à l'élimination en suivant les procédures de gestion des déchets et de biosécurité de votre établissement.

Si votre organisation gère une collection formelle, les ISBER Best Practices for Repositories de l'International Society for Biological and Environmental Repositories constituent une référence utile pour rédiger votre politique de conservation et d'élimination.

Étape 5 : Cartographiez votre stockage tel qu'il est physiquement organisé

Votre structure de stockage numérique doit correspondre à ce que l'on voit en ouvrant la porte du congélateur. Parcourez les congélateurs et notez la hiérarchie de chaque unité : bâtiment et salle, congélateur ou réservoir d'azote liquide, étagère, portoir, boîte et position.

Quelques règles facilitent grandement l'importation :

• Utilisez une convention de nommage unique pour chaque congélateur et portoir, et étiquetez les unités physiques en conséquence
• Numérotez les positions des boîtes de manière cohérente (de A1 à I9, ou de 1 à 81) et convertissez-les en chiffres si votre importation l'exige
• Identifiez rapidement les congélateurs partagés ou ceux des plateformes techniques, car plusieurs groupes devront y accéder
• Notez toute unité devant être mise hors service afin de ne pas la cartographier deux fois

SciSure modélise les congélateurs, réfrigérateurs, réservoirs d'azote liquide et armoires comme des unités de stockage composées de niveaux d'étagères, de portoirs et de boîtes. Vous pouvez créer un modèle une seule fois, générer des compartiments en masse et réserver des boîtes pour éviter que quelqu'un d'autre n'occupe un espace en cours de migration.

Étape 6 : Effectuez une importation pilote sur un congélateur ou un portoir

Choisissez un congélateur ou un portoir représentatif de votre organisation actuelle : quelques types d'échantillons, des enregistrements anciens, quelques propriétaires ayant quitté le laboratoire. Ensuite :

1. Créez le fichier d'importation pour cette unité, à raison d'un fichier par type d'échantillon
2. Importez-le et vérifiez les enregistrements dans le système : nombres, positions, propriétaires et formats de champs
3. Ouvrez le congélateur et effectuez un contrôle ponctuel de quelques boîtes par rapport aux nouveaux enregistrements
4. Corrigez le modèle et vos règles de nettoyage en fonction des erreurs rencontrées

Attendez-vous à ce que le pilote révèle des problèmes imprévus. C'est tout l'intérêt de la démarche. Il est bien moins coûteux de corriger un modèle après 300 enregistrements qu'après 30 000. Notez ce que vous avez appris ; cela deviendra la procédure opérationnelle normalisée (PON) pour toutes les vagues suivantes.

Étape 7 : Importez par vagues et fixez une date de basculement

Une fois le pilote validé, procédez au reste par vagues : un congélateur, un groupe ou un type d'échantillon à la fois. Donnez la priorité aux projets actifs, aux matériaux irremplaçables et aux congélateurs partagés.

Pour chaque vague, fixez une date de basculement. À partir de ce jour, la feuille de calcul correspondant à ce congélateur devient en lecture seule et les nouveaux échantillons sont directement saisis dans SciSure. Utiliser les deux systèmes en parallèle pendant plus de quelques jours est le meilleur moyen de voir les enregistrements diverger à nouveau.

Étape 8 : Effectuez un rapprochement après chaque importation

Le rapprochement est ce qui permet d'instaurer la confiance dans le nouveau système. Après chaque vague :

• Comparez les comptes par boîte et par congélateur entre le fichier source et les enregistrements importés
• Videz la liste des emplacements non spécifiés afin que chaque échantillon ait une position réelle
• Effectuez des contrôles physiques ponctuels en ouvrant un nombre défini de boîtes par congélateur et en les faisant correspondre aux enregistrements
• Demandez aux propriétaires de confirmer leurs propres échantillons ; ils repéreront les erreurs plus vite que quiconque
• Corrigez en masse avec la mise à jour par lots de SciSure au lieu de modifier les enregistrements un par un

Lorsque les chiffres correspondent et que les propriétaires ont donné leur accord, archivez la feuille de calcul en lecture seule. Conservez-la pour référence, mais cessez de l'utiliser.

Étape 9 : Maintenez l'inventaire à jour après le lancement

Une migration n'est rentable que si les données restent exactes. Imprimez des étiquettes codes-barres au fur et à mesure que vous manipulez les boîtes, et utilisez l'application mobile SciSure pour scanner les échantillons, les enregistrer en entrée et en sortie, et mettre à jour les emplacements directement au congélateur. Liez les échantillons aux expériences qui les utilisent ou les créent afin que leur historique se constitue automatiquement. Programmez un court audit d'un congélateur chaque trimestre.

Célébrez également les étapes clés. Les scientifiques prennent rarement le temps de remarquer leurs progrès, et une migration est un projet long et ingrat. Lorsque le premier congélateur est terminé, faites-le savoir. Remerciez les personnes qui ont accompli le travail.

Ce pour quoi SciSure est le plus performant

SciSure excelle dans le suivi des matériaux de recherche précieux en stockage frigorifique : échantillons utilisés dans les expériences, échantillons créés lors des expériences et échantillons stockés pour des travaux futurs. Cela couvre les lignées cellulaires, les tissus, l'ADN, les protéines, les composés et matériaux similaires dans les universités, les biotechnologies et les laboratoires de recherche pharmaceutique.

Certains laboratoires utilisent également SciSure pour suivre les réactifs et les consommables, ce qui fonctionne bien parallèlement au suivi des échantillons. Si votre problème principal concerne les achats, la gestion des fournisseurs et le réapprovisionnement des stocks, un outil d'approvisionnement dédié vous sera probablement plus utile.

Comment Euroimmun US a abandonné les feuilles de calcul pour la gestion des échantillons

Euroimmun US, une entité de Revvity, accompagne ses équipes dans les domaines des affaires scientifiques, du contrôle qualité, des ventes et du support technique. Avant l'adoption de SciSure, l'équipe des opérations techniques gérait ses échantillons via Excel et la mémoire des collaborateurs. Avec l'augmentation du volume d'échantillons, le statut d'un même échantillon pouvait être dispersé dans plusieurs versions d'un fichier, rendant la fiabilité de l'inventaire difficile à garantir.

Depuis le passage à SciSure, l'équipe a optimisé l'organisation et la récupération des échantillons, ce qui a permis de :

• Réduire le risque de sélectionner le mauvais échantillon,
• Limiter les cycles de congélation-décongélation inutiles,
• Réduire la consommation énergétique des systèmes de stockage frigorifique grâce à une récupération plus rapide (les portes des congélateurs restant ouvertes moins longtemps),
• Maintenir une structure agile tout en répondant aux demandes d'échantillons de toute l'organisation, la recherche et le filtrage étant devenus les fonctionnalités les plus utilisées par le personnel.

Kiprian Gernat, scientifique en applications internes, affirme que la plateforme a « considérablement réduit le temps et les ressources nécessaires à toutes les activités liées aux échantillons. »

FAQ

Combien de temps faut-il pour migrer un inventaire de congélateur depuis des feuilles de calcul ?

‍Cela dépend du nombre d'échantillons, du nombre de sources et de la qualité des données. Le nettoyage et la vérification des propriétaires prennent généralement plus de temps que l'importation elle-même. Un projet pilote sur un seul congélateur permet d'obtenir une estimation réaliste pour le reste.

Doit-on nettoyer nos données avant l'importation ?

‍Oui. Au minimum, remplissez les champs obligatoires, résolvez les doublons et les conflits de position, et confirmez les propriétaires. Importer des données non nettoyées ne fait que déplacer le problème vers un nouveau système, rendant sa résolution plus complexe.

Que faire des échantillons dont personne ne réclame la propriété ?

‍Soumettez-les à un processus d'examen et d'approbation. Partagez la liste avec les chercheurs principaux, vérifiez les consentements, les MTA, les aspects éthiques, la biosécurité et les conditions de conservation, puis obtenez une validation avant toute élimination. Appliquer une règle rigide de « mise au rebut après un mois » présente le risque de perdre du matériel irremplaçable.

Pouvons-nous importer des échantillons appartenant à des personnes ayant quitté l'organisation ?

‍Oui. Dans SciSure, les importations peuvent faire référence aux comptes d'anciens utilisateurs afin que le créateur original reste enregistré. Vous pouvez ensuite réattribuer ces échantillons à un propriétaire actif ou les archiver.

SciSure aide-t-il à la migration des données ?

‍Oui. Les équipes d'intégration et de réussite client de SciSure prennent en charge la migration de données structurées à partir de feuilles de calcul, d'anciens systèmes et de documents papier. L'étendue exacte dépend de votre déploiement et de votre forfait ; n'hésitez pas à poser la question lors de l'évaluation.

Pouvons-nous également suivre les réactifs et les consommables dans SciSure ?‍

Oui, en plus de vos échantillons. SciSure excelle dans le suivi des échantillons de recherche en stockage cryogénique ; si vos besoins principaux concernent les achats et le réapprovisionnement des stocks, envisagez de le coupler à un outil d'approvisionnement.

Devons-nous apposer des codes-barres sur les échantillons avant ou après la migration ?‍

Faites les deux si nécessaire. Les codes-barres existants peuvent être importés tant qu'ils sont uniques. Pour le matériel non étiqueté, générez des identifiants lors de la migration et imprimez les étiquettes au fur et à mesure que vous traitez chaque boîte.

Si c'est le type de support de migration dont vous avez besoin, contactez-nous. Nous vous guiderons dans la numérisation de votre laboratoire, échantillon par échantillon, avec un accompagnement continu bien après la mise en place.

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