Comment choisir un logiciel ELN pour les laboratoires universitaires : ce qu'il faut considérer avant d'investir

Le logiciel de cahier de laboratoire électronique peut commencer comme un choix pratique pour un seul groupe de recherche. Lorsqu'un établissement l'adopte dans plusieurs laboratoires, la décision affecte également la capacité informatique, la continuité de la recherche et les budgets à long terme.

Pour les directeurs scientifiques, les responsables des infrastructures de recherche et les équipes d'achats, le défi consiste à sélectionner un système que les chercheurs utiliseront et que l'établissement pourra maintenir. Les équipes de gestion des données et les responsables des données doivent également prendre en compte la logistique liée à la mise en œuvre d'un tel système et s'assurer qu'il apporte de la valeur sur le long terme.

L'ELN de SciSure est disponible mondialement, couvrant les laboratoires et organisations aux États-Unis et en Europe, avec des centres de données hébergés en Allemagne et aux Pays-Bas. Nous sommes basés via trois entités juridiques, à Groningue (Pays-Bas), Berlin (Allemagne) et Boston (États-Unis). Notre interface logicielle est disponible en anglais, français et allemand, avec un support linguistique localisé offert par nos équipes de réussite client et de mise en œuvre.  

Que vous évaluiez SciSure, un ELN open-source ou une autre plateforme commerciale, ces questions fournissent un cadre pour comparer vos options.

Quel est le coût de la mise en œuvre d'un ELN ?

La mise en œuvre et l'exploitation continue d'un ELN engendrent des coûts qui vont bien au-delà du simple prix de la licence ; il est donc essentiel de prévoir un budget en conséquence. Quelqu'un doit assurer la maintenance du système, gérer les accès, tester les sauvegardes et accompagner les chercheurs. Si votre établissement universitaire dispose de l'expertise technique et de l'infrastructure nécessaires, cette solution pourrait s'avérer très pertinente.

Attention toutefois : certains ELN open source proposent souvent des modèles de service comparables à ceux des ELN commerciaux. Par exemple, certaines options se présentent comme gratuites et open source, tout en incluant des services payants d'hébergement, de support professionnel et de formation.

À l'inverse, les ELN commerciaux intègrent souvent ces mêmes services dans un cadre plus global. Ils s'accompagnent de responsabilités clairement définies en matière d'hébergement, de maintenance, de support, de mises à jour et de formation des utilisateurs.

C'est pourquoi il est judicieux de regarder au-delà des frais de licence. Vous devriez plutôt évaluer le niveau de service global, l'effort opérationnel, la prévisibilité des coûts et les ressources institutionnelles nécessaires pour l'ELN que vous envisagez de déployer à long terme.  

En plus de ces coûts, veillez à inclure le travail effectué par vos employés actuels. Leur temps représente une capacité qui doit rester disponible en parallèle de leurs autres responsabilités institutionnelles.  

Appliquez la même rigueur aux propositions commerciales. Clarifiez ce que couvre l'abonnement et quelles tâches resteront à la charge de vos propres équipes.

Votre logiciel ELN peut-il répondre aux besoins de plusieurs équipes ?

Un ELN doit prendre en charge bien plus que la simple documentation d'expériences. Les équipes informatiques et de gestion des données doivent administrer le système à l'échelle de l'établissement, les chercheurs principaux ont besoin d'une vue d'ensemble sur les travaux de leurs groupes, et les chercheurs ont besoin d'outils pratiques pour leur flux de travail quotidien. Évaluez ces besoins séparément, puis testez leur interopérabilité.

Pour les équipes informatiques et de gestion des données : Administration à l'échelle de l'établissement

L'ELN peut-il prendre en charge votre structure organisationnelle ainsi que vos processus de gestion des accès et de conservation des dossiers de recherche ? Demandez-vous s'il permet de :

• Organiser les utilisateurs et les projets par groupe de recherche, département et site, y compris pour les projets transversaux.

• Ajouter et supprimer des utilisateurs via le processus de gestion des identités de votre établissement, avec des rôles et des autorisations d'administration clairement définis.

• Préserver les dossiers de recherche lors du départ d'utilisateurs et répondre aux exigences institutionnelles en matière de conservation, d'extraction et d'exportation.

Pour les chercheurs principaux : Supervision de groupe et continuité

Les chercheurs principaux peuvent-ils superviser les travaux de leurs groupes, gérer la collaboration et maintenir l'accessibilité des projets malgré le renouvellement des membres de l'équipe ? Demandez-vous s'il permet de :

• Créez des groupes de recherche distincts avec les autorisations appropriées et partagez des enregistrements sélectionnés avec d'autres groupes ou des collaborateurs externes.

• Donnez aux chefs de groupe autorisés une visibilité sur les projets, la documentation et les responsabilités.

• Transférez la responsabilité d'un projet lorsqu'un chercheur quitte l'équipe et récupérez les travaux terminés, ainsi que leurs fichiers de support, sur le long terme.

Pour les chercheurs et les groupes de projet : flux de travail quotidiens et collaboration

Les chercheurs peuvent-ils documenter, trouver et développer leurs travaux sans effort administratif inutile ? Demandez-vous si la solution permet de :

• Relier la documentation des expériences aux échantillons, aux fichiers de support et aux enregistrements de projet associés.

• Prendre en charge des flux de travail de projet partagés afin que les collègues puissent contribuer aux recherches et les examiner avec les accès appropriés.

• Retrouver des travaux antérieurs et exporter des enregistrements avec les pièces jointes et les métadonnées nécessaires pour les interpréter et les réutiliser.

Demandez à chaque fournisseur ou équipe de mise en œuvre interne de démontrer ces capacités à l'aide d'un scénario réaliste. Par exemple, le départ d'un doctorant alors que ses collègues poursuivent le projet. Impliquez des représentants des trois niveaux et notez toute configuration, service supplémentaire ou travail manuel requis. Cela donne à votre institution une base plus claire pour évaluer la pertinence de la solution qu'une simple liste de fonctionnalités.

Le Laboratoire d'immunologie comportementale de l'Université de Pittsburgh a choisi SciSure pour remplacer un système fastidieux mêlant papier et fichiers Excel pour le suivi des échantillons, avec pour priorités l'accessibilité financière et la gestion des stocks. La mise en œuvre a pris environ un mois, offrant aux chercheurs des emplacements d'échantillons consultables et des étiquettes standardisées pour faciliter leur travail quotidien.
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SciSure nous a fait gagner beaucoup de temps - une amélioration de 50 % - en ce qui concerne le suivi et la gestion des échantillons.

‍- Zak Hutchinson, responsable du laboratoire d'immunologie comportementale, Université de Pittsburgh

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Où les données de recherche seront-elles hébergées et consultées ?

Commencez par examiner les classifications de données, les politiques et les accords de recherche de votre institution. Un laboratoire de recherche fondamentale et un groupe de recherche médicale traitant des informations de santé identifiables peuvent avoir des exigences différentes.

Pour chaque déploiement proposé, établissez :

• Où les données de production et les sauvegardes sont stockées.

• Qui peut accéder au système pour l'administration et le support.

• Quelles entités juridiques et quels fournisseurs d'infrastructure sont impliqués.

• Comment la collaboration internationale et les transferts de données seront gérés.

• Qui est responsable des mises à jour, de la récupération et de la réponse aux incidents.

Confirmez la région d'hébergement et les responsabilités opérationnelles liées à l'option spécifique que vous envisagez. Assurez-vous d'impliquer suffisamment tôt vos équipes informatiques, de sécurité de l'information et de protection des données pour évaluer la solution proposée.

Allemagne : Conservation des dossiers de recherche et critères d'hébergement institutionnel

Pour les institutions bénéficiant d'un financement de la DFG, le Code de conduite de la DFG est une référence importante. Ses directives d'archivage exigent généralement que les données et les documents de recherche étayant les résultats publiés restent accessibles et identifiables pendant dix ans, sauf exceptions justifiées. Votre ELN et vos dispositifs d'archivage doivent permettre de respecter la période de conservation applicable, y compris après le départ des chercheurs.

Demandez au service informatique central d'identifier toute exigence institutionnelle ou publique supplémentaire concernant la sécurité du cloud, les accords de traitement et l'accès international. Si votre institution exige un hébergement en Allemagne ou dans l'UE, précisez-le lors de l'évaluation et confirmez séparément les emplacements de production et de sauvegarde.

En Allemagne, le Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology IZI à Leipzig avait besoin de faciliter la récupération des données et la collaboration au sein d'une organisation comptant sept départements. SciSure a aidé les équipes à organiser leurs projets, à partager l'accès aux données de recherche et à lier les échantillons aux expériences, réduisant ainsi la documentation répétitive.
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« SciSure nous aide à gagner du temps en nous permettant de partager facilement nos protocoles avec nos collègues. Il prend également en charge la gestion de nos échantillons. Cela réduit le temps passé à noter les expériences, car les échantillons peuvent être facilement associés. »

- Sabrina Rau, scientifique et coordinatrice scientifique, Fraunhofer IZI

Avec des bureaux basés aux Pays-Bas, en Allemagne et aux États-Unis, SciSure propose également une assistance en langue allemande. Assurez-vous de confirmer les contacts et les modalités de support inclus dans votre proposition.

France : Règles relatives au cloud public et hébergement des données de santé

Les institutions françaises doivent déterminer si leur organisation et leur projet relèvent de la doctrine de l'État Cloud au centre doctrine. Pour les systèmes concernés traitant des données particulièrement sensibles, la doctrine précise des protections supplémentaires, notamment la qualification SecNumCloud ou un équivalent européen reconnu pour les services cloud commerciaux. Ces exigences doivent être évaluées en fonction du statut de l'institution et de la nature des données traitées.

Les équipes de recherche médicale doivent également déterminer si leurs activités d'hébergement relèvent des exigences françaises en matière d'hébergement de données de santé, conformément à l'article L1111-8 du Code de la santé publique. Guide de la CNIL sur la sécurité du cloud identifie l'exigence d'un hébergement certifié HDS lorsque cela est applicable. Il convient d'évaluer ce besoin en fonction des données et des activités réelles plutôt que de le supposer pour chaque déploiement de cahier de laboratoire électronique (ELN) universitaire.

Un exemple à Paris : Sélection et déploiement de l'ELN à l'Institut Pasteur, qui montre comment un établissement de recherche peut intégrer ces considérations dans son évaluation. Les exigences juridiques et de sécurité des données ont été essentielles à sa décision, au même titre que la fonctionnalité, la facilité d'utilisation et le coût. L'institut a évalué plus de 20 solutions d'ELN et de suivi d'échantillons, avec la contribution de scientifiques issus d'une cinquantaine d'unités de recherche pour le choix final de SciSure. Une équipe informatique dédiée a ensuite soutenu la mise en œuvre en quatre vagues de déploiement, en utilisant des ateliers et des sessions de formation mensuelles pour aider les chercheurs à adopter la plateforme.

Le support fonctionnera-t-il pour des organisations multisites ou des laboratoires internationaux ?

Pour une institution opérant à l'international, le support doit aller au-delà de la simple disponibilité d'un service d'assistance. Interrogez votre fournisseur sur les fuseaux horaires et les langues couverts, sur la manière dont les problèmes urgents sont escaladés, et sur qui prend en charge les intégrations ou les configurations spécifiques à l'institution. Clarifiez la différence entre les objectifs de réponse et les engagements de résolution.

La formation, elle aussi, doit avoir un responsable. L'arrivée de nouveaux étudiants, de chercheurs invités et le renouvellement des équipes de projet créent un besoin permanent d'intégration. Comparez le niveau de support continu que vos fournisseurs proposent après l'installation et la configuration. Que le support soit assuré par une équipe interne, un partenaire de services open-source ou un fournisseur commercial, documentez les responsabilités et la couverture de secours.

Qui assurera la maintenance de votre ELN lorsque la personne responsable partira ?

Le logiciel ELN de votre choix doit rester maintenable lorsque la personne qui l'a introduit change de poste ou quitte votre organisation. Une passation de pouvoir médiocre ou inexistante peut laisser les équipes sans les connaissances ou les accès nécessaires pour assurer le bon fonctionnement du système.

Cela est important, que vous choisissiez un logiciel open-source ou commercial, hébergé dans le cloud ou sur site. Chaque option peut répartir les responsabilités différemment entre votre institution, le fournisseur et les éventuels partenaires de mise en œuvre. Déterminez qui devra :

• Assurer la maintenance du système, appliquer les mises à jour et résoudre les problèmes techniques.

• Gérer les accès administrateur, la configuration et les intégrations.

• Superviser les sauvegardes, la récupération et le maintien de l'accès aux dossiers de recherche.

• Maintenir la documentation à jour et former un remplaçant.

Demandez à chaque fournisseur ou équipe de mise en œuvre interne d'expliquer ce qui se passerait si votre administrateur ELN principal partait. La désignation d'un adjoint, un processus de passation documenté et des accords de support clairs doivent faire partie du plan de mise en œuvre, afin que la continuité ne dépende pas de la disponibilité ou des connaissances d'une seule personne.

Comment aborder l'achat et la mise en œuvre d'un ELN ?

Il est compréhensible que vous envisagiez un outil immédiatement disponible en raison de contraintes budgétaires et d'un processus d'achat long. Cependant, avant qu'un projet pilote ne devienne un service institutionnel, impliquez dès le début vos équipes de recherche, le service informatique central et le service des achats afin que l'évaluation reflète à la fois l'utilisation quotidienne et les responsabilités institutionnelles.

Assurez-vous de :

• Définissez les exigences fonctionnelles, techniques, de sécurité et de support essentielles avant d'examiner toute solution ou démonstration.

• Établissez le processus d'approvisionnement approprié et clarifiez l'étendue complète de l'engagement institutionnel, y compris les licences, l'hébergement, la formation au support et les ressources internes.

• Lancez un projet pilote des solutions présélectionnées avec plusieurs laboratoires représentatifs afin de tester la solution dans des conditions réelles.

• Testez la documentation courante, ainsi que les changements d'accès, les transferts de projets, les exportations de données et d'autres situations susceptibles de survenir au cours du cycle de vie du système.

• Évaluez les retours des chercheurs ainsi que l'effort administratif, les exigences techniques et les besoins en support.

• Utilisez les conclusions pour planifier un déploiement progressif avec des responsables désignés, une capacité de formation et de support suffisante, et des critères clairs pour étendre l'adoption.

Voici comment la mise en œuvre d'une plateforme de gestion scientifique comme SciSure fonctionne en pratique : qui doit être impliqué et pourquoi un sponsor exécutif est essentiel au processus.

Pouvez-vous personnaliser votre ELN tout en conservant une sécurité et un support fiables ?

Les logiciels open source ne sont pas intrinsèquement moins sécurisés, et certains projets proposent un support commercial professionnel. La distinction clé réside dans le fait que la solution choisie dispose des ressources, des processus et de la responsabilité dont votre institution a besoin. Un fournisseur commercial établi peut offrir un support dédié et une gestion formelle de la sécurité, mais ces dispositions doivent être vérifiées lors de l'évaluation.

Les ELN open source peuvent sembler attrayants si votre institution souhaite modifier le logiciel ou développer ses propres fonctionnalités. Mais cette flexibilité implique également qu'il est nécessaire d'avoir un plan clair pour maintenir le code personnalisé, appliquer les mises à jour de sécurité et réagir en cas de problème. Si un projet repose sur une petite équipe de développement ou sur des bénévoles, vous pourriez ne pas être en mesure d'implémenter des correctifs si quelqu'un est absent ou indisponible. Cela signifie que vous serez seul pour enquêter sur les problèmes ou mettre en œuvre une solution de contournement.

Demandez à chaque fournisseur ou équipe de mise en œuvre interne :

• Qui surveille les vulnérabilités, développe les correctifs et installe les mises à jour ?

• Quels processus de réponse aux incidents, voies d'escalade et engagements de réponse sont en place ?

• Qui vérifie que les fonctionnalités personnalisées restent sécurisées et compatibles après les mises à niveau ?

• Comment les responsabilités diffèrent-elles entre les déploiements dans le cloud et sur site ?

La personnalisation est également possible au sein d'une plateforme bénéficiant d'un support commercial. API, SDK et hub développeur de SciSure permettent aux établissements de créer des intégrations et d'étendre les fonctionnalités de leurs flux de travail. Parallèlement à ces capacités, SciSure bénéficie de la certification ISO/IEC 27001 pour la gestion de la sécurité de l'information, offrant aux établissements une base concrète pour évaluer à la fois la flexibilité et la gouvernance de la sécurité. Renseignez-vous sur la manière dont ce support couvre votre déploiement envisagé et toute extension personnalisée.

Questions fréquentes

Un ELN gratuit est-il adapté à un établissement universitaire ?

Cela peut être le cas, selon vos flux de travail de recherche, les exigences de votre établissement et les ressources disponibles pour exploiter le système. Intégrez les coûts d'hébergement, de maintenance, de formation et de support dans votre comparaison, et testez la mise en œuvre proposée avec des laboratoires représentatifs. Gardez simplement à l'esprit que tous les logiciels ELN gratuits ou open source n'incluent pas l'hébergement, la formation ou le support de configuration gratuits.

L'ELN de SciSure est-il disponible mondialement ?

Oui. L'ELN de SciSure est disponible dans le monde entier. Confirmez la région d'hébergement, les modalités de support et la configuration disponibles pour le déploiement envisagé, ainsi que toute exigence locale susceptible d'affecter son utilisation.

Que doivent prendre en compte les établissements en Allemagne ?

Assurez-vous d'évaluer les exigences applicables en matière de protection des données et d'hébergement institutionnel, ainsi que la conservation des dossiers de recherche. Les établissements financés par la DFG doivent tenir compte des attentes en matière d'archivage du Code de conduite de la DFG. Précisez les emplacements d'hébergement requis et confirmez l'accès au support, les modalités de sauvegarde et l'assistance en langue allemande.

Tous les ELN universitaires français nécessitent-ils une certification HDS ou SecNumCloud ?

Pas nécessairement ; les exigences HDS dépendent de l'activité d'hébergement de données de santé. Les exigences SecNumCloud peuvent s'appliquer aux systèmes particulièrement sensibles relevant de la doctrine « Cloud au centre ». Déterminez l'applicabilité avec les équipes de protection des données, de sécurité et d'achats de votre établissement.

Que doit inclure une proposition d'ELN universitaire ?

Une proposition d'ELN universitaire doit inclure une ventilation des coûts liés aux licences, à l'hébergement, à la mise en œuvre, à la formation, au support et à l'expansion. Tenez compte des remises universitaires disponibles et des conditions de renouvellement afin que votre établissement puisse comparer les options sur une même période.

SciSure propose des remises universitaires pour aider les établissements à optimiser leurs budgets de recherche. Demandez un devis universitaire couvrant vos groupes de recherche, vos préférences d'hébergement et vos besoins en support pour comprendre le coût de l'introduction de SciSure au sein de votre établissement.

Parlez à un spécialiste SciSure des besoins de votre établissement en matière d'ELN pour discuter des options d'hébergement, du support à la mise en œuvre et de la tarification universitaire.

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