Le meilleur moment pour implémenter un ELN ? Avant même de mettre les pieds au labo

Vous avez enfin obtenu des financements pour votre start-up de biotechnologie. Félicitations !

Votre laboratoire devient opérationnel, le matériel arrive et vous êtes enthousiaste à l'idée de tout ce qui vous attend. Pendant ce temps, les investisseurs s'enquièrent déjà des étapes clés, alors même qu'une partie de votre équipement est encore dans les cartons.

Parmi les nombreuses décisions à prendre, une autre question se pose : Avons-nous vraiment besoin d'un logiciel de cahier de laboratoire électronique (ELN) ou d'un système de gestion des échantillons ?

Bien sûr, une meilleure reproductibilité et une organisation rigoureuse des données permettent d'économiser du temps et de l'argent. De nombreux fournisseurs d'ELN proposent également des programmes spécifiques pour les start-ups. Mais n'est-ce pas trop tôt ? Pourquoi investir du temps dans un système alors que vous avez à peine des échantillons et que vos flux de travail expérimentaux ne sont même pas encore établis ?
‍

Spoiler : je pense que le plus tôt sera le mieux. Idéalement, avant votre première expérience.

J'ai vécu cette situation des deux côtés. Avant d'accompagner des laboratoires dans la mise en œuvre d'ELN, j'étais moi-même scientifique dans une start-up de biotechnologie. À l'époque, je ne connaissais pas grand-chose aux ELN, mais nous en utilisions un dès le début.

Avec le recul, je suis très heureux que nous l'ayons fait. Voici trois raisons pour lesquelles.

1. La vie en start-up est déjà assez chargée sans avoir à chercher partout

Travailler dans une start-up de biotechnologie signifie toucher à tout. Un jour, vous planifiez des expériences, le lendemain, vous écrivez du code, présentez l'entreprise, commandez des consommables, réparez du matériel ou préparez des résultats pour les investisseurs.

Et, contrairement à un laboratoire bien établi, il n'y a souvent personne dont la seule responsabilité est de maintenir l'organisation.

Au cours de ma première année dans la start-up, je partageais mon temps entre des simulations informatiques et des expériences en laboratoire. Il m'arrivait de passer deux semaines principalement sur des simulations. Lorsque je retournais au laboratoire, j'avais du mal à me souvenir de l'emplacement de chaque chose.

• Dans quel congélateur se trouvait cet échantillon ?
• Dans quelle boîte ?
• À quelle position dans cette boîte ?
• Et quelle était la dernière expérience que j'avais commencée mais pas terminée ?

Disposer d'un système interrogeable a fait une énorme différence. Au lieu d'interrompre un collègue tout aussi occupé que moi, je pouvais trouver l'emplacement de l'échantillon ou vérifier l'expérience moi-même.

Cela peut sembler dérisoire. Mais lorsque votre équipe est restreinte et que le temps de chacun est limité, ces petits détails s'accumulent étonnamment vite.

2. Il est bien plus facile d'organiser un laboratoire avant qu'il ne devienne désordonné

Mettre en place un cahier de laboratoire électronique (ELN) ne se résume pas à installer un logiciel. Chaque laboratoire possède ses propres protocoles, flux de travail expérimentaux et méthodes d'organisation des échantillons.

Même si vous partez de zéro, vous apportez probablement des protocoles issus de différents laboratoires universitaires. Et, comme nous l'avons découvert, les scientifiques ont souvent des manières différentes de réaliser une expérience pourtant identique.

Nous avons dû harmoniser nos protocoles, discuter des meilleures approches et établir une structure expérimentale cohérente pour notre équipe.

Nous avons également eu l'opportunité de décider de l'organisation de nos congélateurs, boîtes et registres d'échantillons avant même de commencer à les remplir.
‍

Nous utilisions déjà l'ELN avant même de lancer notre première expérience.

Était-ce un surcroît de travail au départ ? Certainement. Mais cela nous a épargné bien des ennuis au cours des deux ou trois années suivantes.

Chaque chose avait sa place, physiquement comme numériquement. Les nouveaux réactifs étaient enregistrés dès leur arrivée. Les nouvelles expériences suivaient une structure convenue. Et lorsque de nouveaux collègues nous rejoignaient, ils n'avaient pas à apprendre tout un système de règles tacites.

Il y a un autre avantage à s'y prendre tôt : vous n'avez pas besoin de migrer des centaines d'échantillons ou d'expériences existants. Vous ajoutez simplement les éléments au fur et à mesure.

Maintenant que je travaille de l'autre côté, à aider les laboratoires à adopter des ELN, je constate à quel point la mise en œuvre devient complexe lorsqu'il faut composer avec des années de données et d'habitudes préexistantes.

3. Même un petit laboratoire génère des données étonnamment vite

Il est tentant de penser qu'une équipe de trois scientifiques n'a pas vraiment besoin d'un système dédié. Pourtant, trois scientifiques travaillant à temps plein peuvent générer un nombre considérable d'expériences et d'échantillons.

Dans notre start-up, nous avions deux ans pour livrer des MVP pour quatre projets différents. Pendant les premiers mois, nous n'étions que trois à travailler au laboratoire.

Dès les premières séries d'expériences, nous avions déjà des dizaines d'échantillons. Ce nombre a fini par atteindre des centaines.

Imaginez essayer de mettre en place un système de gestion des échantillons à ce stade. Vous devriez d'abord tout identifier, reconstituer les informations manquantes, convenir de conventions de nommage et saisir toutes ces données.

Et vous devriez faire tout cela tout en poursuivant les expériences nécessaires pour atteindre vos objectifs.

Aujourd'hui, je travaille parfois avec des laboratoires qui possèdent déjà des centaines, voire des milliers d'échantillons lorsqu'ils décident de mettre en place un système. Cela me rappelle toujours mon précédent emploi et me fait apprécier les efforts que nous avons évités en commençant tôt.

La question n'est pas nécessairement de savoir combien d'échantillons vous avez aujourd'hui. C'est de savoir combien vous en aurez dans six mois, et si vous serez toujours en mesure de les retrouver et de les comprendre.

Alors, est-il jamais trop tôt pour un ELN ?

Je ne le pense pas.

Bien sûr, une start-up de trois personnes n'a pas besoin de la même infrastructure complexe qu'une grande entreprise pharmaceutique. Et passer des mois à concevoir un système parfait avant de faire la moindre science irait à l'encontre de l'objectif.

Mais avoir une méthode simple et convenue pour documenter les expériences, gérer les protocoles et suivre les échantillons dès le premier jour est une tout autre affaire.

Cela vous aide à rester organisé quand tout le monde est occupé, facilite l'intégration des nouveaux arrivants et évite la tâche pénible de devoir tout reconstituer plus tard.
‍

Le meilleur moment pour organiser votre laboratoire est celui où il y a encore très peu de choses à organiser.

Et si vous n'avez même pas encore déballé votre premier équipement, c'est peut-être le moment idéal pour commencer.