Comment changer d'ELN : une stratégie de migration pratique pour les laboratoires de recherche

Here's how to move from a legacy ELN, paper notebooks, spreadsheets, or mixed ELN/LIMS setup with a migration plan that protects historical data, keeps samples traceable, and helps you adopt the new system faster.

July 2, 2026
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TL;DR

Switching from one ELN works best when you preserve scientific context, migrate only what supports active work, and validate data integrity before go-live so teams can trust the new system from day one.

  • Audit everything first.
    Map experiments, samples, protocols, attachments, users, permissions, integrations, and paper notebooks before leaving a legacy ELN. Also capture off-system work happening in Excel, OneNote, shared drives, email approvals, freezer maps, and instrument computers, because those hidden dependencies often hold sample lineage, ownership, and retrieval context that must survive the move.
  • Migrate with intent.
    Sort content into three buckets: structured migration for active studies and searchable sample records, read-only archive for historical signed records and legacy notebooks, and rebuilt templates for recurring workflows. Prioritize current protocols, open studies, freezer locations, high-value attachments, and approval flows needed in the first 30 to 90 days.
  • Protect data integrity.
    Keep migrated records complete, accurate, attributable, legible, traceable, and retrievable. Reconcile record counts, sample IDs, aliases, storage locations, signatures, timestamps, audit trails, linked files, and approval history. For regulated environments, align validation and transfer checks with 21 CFR Part 11, FDA data integrity guidance, MHRA GxP guidance, and EU GMP Annex 11.
  • Build connected workflows.
    Define canonical sample IDs, metadata, storage maps, lineage rules, protocol templates, file handling, permissions, and review workflows before configuration starts. No-code setup lowers migration risk when teams standardize what needs traceability, such as sample intake, assay execution, approvals, and barcode-linked inventory, without recreating messy legacy processes in a cleaner interface.
  • Roll out in phases.
    Use named owners, phased milestones, pilot migrations with messy real data, workflow-based training, and clear go-live support. Train scientists on real tasks like creating records, linking samples, attaching instrument outputs, requesting review, and retrieving prior work. SciSure supports this approach with connected ELN and LIMS workflows, migration support, onboarding, and training built for adoption.


This post was originally written in 2023 and has been updated to reflect SciSure's enterprise positioning, more recent regulatory standards, and new customer proof from Institut Pasteur.

If you're replacing an electronic lab notebook, the risky work is preserving the context that makes each record useful later: the sample, protocol version, attachment, instrument output, reviewer, signature, timestamp, storage location, and decision trail.

That context matters for daily lab work and for larger expectations around data integrity, reproducibility, audit readiness, funding, and electronic recordkeeping. For example:

You don't need to move everything at once. But you do need a structured transition plan that starts with the workflows people already use, proves the new system with real records, and gives scientists a reason to trust the change.

Read MoreThe 5 Best Electronic Lab Notebooks (ELN) in 2026 Ranked by Ease-of-Use & ROI: Based on Real User Reviews

Why do ELN transitions fail?

ELN transitions fail when teams move records before they define the context underlying them, i.e. the workflows, data relationships, ownership, validation checks, and training plan behind those records.

A thin migration plan usually sounds simple: export data from the old ELN, import it into the new one, train users, and go live. In practice, labs get stuck because the old system contains more than notebook entries. It contains partially documented workarounds, folder structures, naming habits, spreadsheet trackers, freezer maps, instrument files, PDF exports, permissions, and local knowledge from the people who kept the system usable.

Common failure points during an ELN transition.
  • Migrating old content without deciding which records still need to be searchable, editable, signed, archived, or retained.
  • Importing samples before cleaning names, IDs, storage locations, aliases, ownership, and material status.
  • Rebuilding every old workflow instead of improving the workflows that caused daily friction.
  • Training users on menus and features instead of the experiment, sample, and review tasks they perform each week.
  • Treating compliance as a final check instead of a design requirement for records, signatures, permissions, retention, and audit trails.
  • Skipping a pilot with real data, then discovering after go-live that attachments, protocol versions, sample links, or former user records are missing.

The better path is to treat your ELN transition as a lab workflow project. You're deciding how your team will document experiments, connect samples to results, preserve supporting files, review completed work, and find evidence later.

What should you audit before leaving your current ELN?

Before leaving your current ELN, audit the records, samples, protocols, files, users, permissions, integrations, paper archives, and compliance requirements that need to survive the move.

Start with a practical inventory. A spreadsheet is fine if that is the fastest way to gather the facts. The point is to surface hidden dependencies before they surprise you halfway through migration.

Capture these categories:

What to audit before transitioning from one ELN to another
Section Title What it covers
1 Experiments Active projects, completed studies, notebook entries, folder structures, record owners, signatures, and witness status.

Example: a CRISPR screen with linked plate maps, raw images, and reviewer comments.
2 Paper notebooks Notebook owner, date range, project, page count, location, retention requirement, and scan priority.

Example: 15 years of medicinal chemistry notebooks across three research sites.
3 Protocols Current versions, retired versions, SOP links, recurring templates, and approval status.

Example: a stability assay protocol that changed twice during a grant period.
4 Samples Sample IDs, aliases, material type, storage unit, rack, box, position, lineage, freeze-thaw history, and owner.

Example: cell lines stored across two freezers with duplicate spreadsheet IDs.
5 Attachments Instrument files, images, PDFs, spreadsheets, analysis exports, and file naming patterns.

Example: HPLC files saved outside the ELN but referenced in experiment notes.
6 Users and access Active users, alumni, collaborators, reviewers, admins, and role permissions.

Example: a former postdoc who owns records that still need to be searchable.
7 Integrations Instruments, APIs, file sync, barcode workflows, identity provider, and reporting tools.

Example: a balance, plate reader, or sequencing workflow feeding files into shared storage.
8 Compliance Retention rules, electronic signatures, audit trails, validation needs, and Part 11, GxP, GLP, or GMP scope.

Example: QA needing proof of who changed a record and when.

Also ask users where they work outside the current ELN. Many migrations miss the real record because the day-to-day workflow is split across Excel sheets, freezer notebooks, OneNote pages, PDFs, email approvals, local instrument computers, and shared folders.

For multi-site migrations, add site-level detail. A three-site research organization should know which site owns which notebooks, which sample naming rules differ by site, which labs need local admin support, and which historical records must be available during the cutover.

How should you decide what to migrate, archive, or rebuild?

Decide record by record whether content should be migrated as structured data, archived as a preserved record, or rebuilt as a better workflow template in the new ELN. This keeps the transition practical. A full-fidelity migration of every old field can consume months and still recreate messy workflows. A selective migration lets you preserve what matters, retire what is no longer active, and turn common work into better structures.

You can use three buckets.

Migrate, archive, or rebuild: How to decide?
Section Bucket Use it for
1 Migrate as structured data Active work, reusable sample records, ongoing studies, and records that need search, links, permissions, or reporting. Example: active oncology experiments with samples that need to stay linked to storage locations and results.
2 Archive as read-only history Completed work that must be retained but does not need to become a live workflow. Example: signed legacy notebook entries exported as PDFs with an index, checksum record, and retrieval owner.
3 Rebuild as templates Repeating workflows that were inconsistent, hard to review, or difficult to search in the old system. Example: a qPCR workflow rebuilt with required fields for sample ID, primer lot, plate map, instrument file, and reviewer.

For active projects, make sure to prioritize the records and data objects that scientists will need in the first 30 to 90 days: current protocols, active sample sets, freezer locations, open studies, recent experiments, high-value attachments, and approval workflows.

For older records, make sure to preserve retrievability. Your team should know where the record lives, what it contains, who owned it, when it was exported, which system it came from, and how to retrieve it during an audit, manuscript review, grant report, IP review, or internal investigation.

What migration services should you look for when moving from paper, spreadsheets, or a legacy ELN?

Look for migration services that cover discovery, paper digitization, data extraction, field mapping, sample cleanup, pilot import, validation, compliance documentation, user training, and controlled archive planning.

If you have 15 or 20 years of paper notebooks and legacy records, the migration service matters as much as the target ELN. You need help turning historical material into a controlled record set without pretending every page can become perfectly structured data.

Useful migration services include:

  • Migration discovery.
    Inventory systems, paper archives, sample trackers, attachments, signatures, retention needs, and site-level differences before configuration begins.
  • Paper digitization and indexing.
    Scan notebook pages, capture metadata such as notebook owner, project, date range, page range, site, and retention category, and create a retrieval index.
  • Data extraction and mapping.
    Map old ELN fields, spreadsheet columns, sample IDs, aliases, protocol names, and file references into the new system's structure.
  • Sample and storage cleanup.
    Standardize sample types, freezer locations, box positions, ownership, material status, barcode values, and lineage before import.
  • Historical archive design.
    Preserve older records as read-only exports when structured migration carries more cost or risk than day-to-day value.
  • Pilot migration.
    Import a representative dataset first, including awkward records such as duplicate sample names, missing storage locations, large attachments, inactive users, and signed records.
  • Validation and reconciliation.
    Compare source and target counts, attachments, sample links, metadata, timestamps, signatures, permissions, and exception logs.
  • Compliance package support.
    Document migration decisions, test evidence, deviations, approvals, and retention strategy so QA, IT, and auditors can review the process.
  • Training and adoption support.
    Train scientists by workflow, appoint lab champions, and keep a support cadence after go-live.

For an AI-enabled or AI-ready ELN, historical data integrity becomes even more important. AI outputs are only useful if the source records are structured, attributable, access-controlled, and human-verifiable. Before you use any AI layer for search, summarization, protocol drafting, or analysis support, make sure your migration preserves provenance, canonical sample IDs, protocol versions, and file context. The NIST AI Risk Management Framework can help teams think about AI governance, but regulated labs still need the underlying electronic records to stand up to FDA, MHRA, EMA/EU, or internal quality expectations.

SciSure
Moving from paper notebooks, spreadsheets, or a legacy ELN?
SciSure helps you map your records, plan a phased migration, and gives your scientists a workflow they can trust before go-live.
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Comment garantir l'intégrité des données lors d'une migration vers un ELN ?

Vous pouvez protéger l'intégrité des données en prouvant que les enregistrements migrés restent complets, exacts, attribuables, lisibles, traçables et récupérables après le transfert.

C'est là que les normes deviennent concrètes. 21 CFR Part 11 exige des pistes d'audit sécurisées, générées par ordinateur et horodatées pour les enregistrements électroniques concernés, ainsi que des contrôles d'accès afin que seules les personnes autorisées puissent consulter, modifier ou signer les enregistrements. Les recommandations de la FDA sur les systèmes électroniques, les enregistrements électroniques et les signatures électroniques dans les essais cliniques visent à déterminer si les enregistrements et signatures électroniques peuvent être considérés comme des équivalents fiables aux documents papier et aux signatures manuscrites. Le guide de la FDA sur l'intégrité des données pour les BPF des médicaments met l'accent sur la fiabilité et l'exactitude des données, avec des stratégies fondées sur les risques pour prévenir et détecter les problèmes d'intégrité.

Pour les environnements GxP au Royaume-Uni, le guide de la MHRA sur l'intégrité des données GxP est utile car il articule l'intégrité des données autour de leur cycle de vie complet.

Pour les environnements BPF de l'UE, l'Annexe 11 des BPF de l'UE est particulièrement pertinente lors d'une migration, car elle stipule que la validation doit inclure des vérifications garantissant que la valeur ou la signification des données n'est pas altérée lors de leur transfert vers un autre format ou système.

Pour la recherche clinique, ICH E6(R3) Bonnes Pratiques Cliniques est également pertinent car il renforce la mise en place de systèmes adaptés, une gestion de la qualité proportionnée et la fiabilité des dossiers d'essais.

Build these expectations into your migration checks:
  • Compare source and target record counts for experiments, samples, files, protocols, users, and archived notebooks.
  • Spot-check high-value records against the old ELN or scanned paper source, including attachments and linked samples.
  • Verify sample IDs, aliases, storage locations, parent-child relationships, and material status.
  • Confirm whether signatures, witness status, approval history, timestamps, and audit trails are migrated, archived, or retained in the legacy export.
  • Record which data was excluded, why it was excluded, who approved the decision, and where the record remains available.
  • Keep a migration log with export dates, import dates, responsible owners, exceptions, fixes, and sign-off.
  • Test retrieval with realistic prompts such as “find the experiment that used sample ABC-104 before the March 2024 protocol change” or “show all records linked to this freezer box before it was moved.”

Si votre laboratoire n'est pas soumis aux réglementations Part 11, BPL, BPF ou BPC, ces contrôles restent essentiels. Ils vous évitent de perdre le contexte scientifique, d'utiliser le mauvais échantillon, de citer un protocole obsolète ou de passer des heures à prouver qu'un enregistrement est bien celui que vous pensez.

Comment élaborer une stratégie numérique et de gestion des échantillons avant le déménagement ?

Élaborez une stratégie numérique et de gestion des échantillons en définissant la manière dont les échantillons, les métadonnées, les protocoles, les expériences, les fichiers et les accès au système doivent être connectés avant de configurer le nouveau cahier de laboratoire électronique (ELN). Idéalement, planifiez ces éléments avant la configuration logicielle. Dans un laboratoire réel, les expériences sont rarement isolées. Elles dépendent d'échantillons, de réactifs, de lignées cellulaires, d'anticorps, de plasmides, de colonies de souris, de boîtes de congélation, d'instruments, de fichiers de résultats et de personnes qui en connaissent l'historique.

Your sample strategy should answer:

  • Which sample types do you manage: cell lines, plasmids, proteins, antibodies, compounds, patient-derived materials, tissue, DNA, RNA, controls, reference materials, or environmental samples?
  • Which metadata fields are required for each type: source, passage, concentration, lot, storage temperature, hazard class, owner, project, consent restriction, expiration date, or chain-of-custody status?
  • Which identifiers should become canonical: old ELN ID, LIMS ID, barcode, freezer label, vendor lot, internal sample name, or study ID?
  • Which storage locations need cleanup before import: freezers, racks, boxes, shelves, rooms, instruments, off-site storage, or third-party repositories?
  • Which samples need lineage: parent material, aliquots, derivatives, pooled samples, generated strains, or downstream production batches?

Your digital strategy should answer:

  • How should projects, studies, experiments, protocols, datasets, and folders be named?
  • Which workflows should become templates because people repeat them every week?
  • Which files should be attached directly to records, and which should be linked from controlled storage?
  • Which users should be able to create, edit, review, sign, witness, archive, restore, or export records?
  • Which integrations matter now, and which can wait until the core workflow is stable?

C'est également ici que la préparation à l'IA pour l'avenir devient concrète. Si vos enregistrements ELN utilisent des identifiants d'échantillons cohérents, des versions de protocoles, des métadonnées obligatoires et des pièces jointes exploitables, votre équipe sera mieux armée pour réutiliser les données ultérieurement. Les principes FAIR commencent au moment où vous déterminez si un futur scientifique pourra retrouver et comprendre l'enregistrement.

Comment la configuration sans code peut-elle réduire les risques liés à la migration ?

La configuration sans code réduit les risques de migration lorsque votre équipe peut créer des modèles, des champs, des rôles, des types d'échantillons et des flux de travail d'approbation basés sur le travail réel en laboratoire, sans attendre un développement logiciel sur mesure.

Pour les équipes de découverte de médicaments, de recherche translationnelle et de biologie de plateforme, la question est souvent d'ordre pratique : les scientifiques et les administrateurs peuvent-ils configurer des flux de travail complexes sans développement informatique lourd ?

Look for ELN options that let you configure:
  • Experiment templates for recurring assays, synthesis workflows, cell culture processes, stability studies, and sample intake.
  • Required fields for sample IDs, reagent lots, protocol versions, plate maps, concentrations, storage conditions, and reviewer notes.
  • Role-based permissions for scientists, lab managers, QA, collaborators, IT, and former users.
  • Review, approval, signature, and witness workflows for records that need formal sign-off.
  • Sample types, custom sample fields, storage maps, barcode labels, batch updates, and parent-child relationships.
  • Imports from spreadsheets and legacy systems with field mapping and reconciliation.

Un ELN configurable nécessite tout de même une discipline de mise en œuvre. Si chaque groupe de laboratoire invente ses propres règles de nommage et ses propres modèles, le nouveau système risque de reproduire l'ancien désordre dans une interface plus propre. Utilisez la configuration pour standardiser les parties du flux de travail qui nécessitent une traçabilité, tout en laissant aux scientifiques suffisamment de flexibilité pour documenter la recherche réelle.

SciSure
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Comment planifier la mise en œuvre pour favoriser l'adoption du nouvel ELN par les scientifiques ?

Planifiez la mise en œuvre autour de responsables désignés, d'étapes clés progressives, de flux de travail réels, de tests de migration et d'une formation basée sur les rôles, plutôt que de miser sur une date de lancement unique.

N'importe quel fournisseur d'ELN peut réaliser une démonstration. Une transition réussie dépend du processus de mise en œuvre qui accompagne le logiciel. Votre plan doit définir qui est responsable de chaque décision, ce qui doit être configuré en priorité, comment la migration sera testée, qui valide les étapes, et comment les scientifiques seront accompagnés une fois qu'ils commenceront à utiliser le système.

A practical implementation plan includes:

  • Project setup: Name the project leader, system owner, lab champions, IT contact, QA or compliance contact, and key users from each site or group.
  • Workflow mapping: Pick the first workflows to configure, such as sample intake, experiment documentation, protocol reuse, assay results, review, and sign-off.
  • Configuration: Build projects, studies, templates, sample fields, storage locations, permissions, naming rules, and approval workflows.
  • Test migration: Import a small, representative dataset before the main migration. Include active experiments, samples, attachments, paper scans, and edge cases.
  • User acceptance: Ask scientists to complete real tasks and report friction before go-live.
  • Training: Train users by role and workflow, not by feature list.
  • Go-live support: Set a clear support channel, response owner, escalation path, and weekly review cadence for the first month.

Avec SciSure, le support à la mise en œuvre peut inclure un accompagnement pour constituer une équipe projet, établir un plan de projet, définir des jalons, nommer des utilisateurs clés et créer un calendrier de formation. Notre équipe d'intégration peut prendre en charge la migration de données structurées depuis vos ELN existants, vos feuilles de calcul et vos dossiers papier via le SciSure ELN. C'est essentiel, car on demande aux scientifiques de faire confiance à une nouvelle méthode d'enregistrement de leurs travaux.

À quoi ressemble concrètement la mise en œuvre pour les laboratoires de recherche ?

Dans les environnements de recherche, une mise en œuvre réussie repose sur un déploiement par phases, des référents locaux, une formation pratique et un support de configuration suffisant pour que les scientifiques puissent intégrer le système à leur travail quotidien.

L'Institut Pasteur, par exemple, a évalué plus de 20 ELN à travers 12 départements de recherche, impliquant des scientifiques de près de 50 unités dans le choix final. Le déploiement a été organisé en quatre vagues, avec des présentations, des réunions de suivi, des points d'étape, des ateliers et des sessions de formation mensuelles pour accompagner l'adoption par le personnel et les installations.

La leçon à retenir est claire : une grande organisation de recherche doit prévoir des vagues de déploiement, un support adapté aux rôles et des utilisateurs locaux capables d'adapter le système à la manière dont chaque laboratoire enregistre ses expériences, échantillons, protocoles et fichiers.

Institut Pasteur's digital transformation in numbers, with SciSure

Comment former les utilisateurs sans ralentir les expériences en cours ?

Formez les utilisateurs sur les tâches précises nécessaires à leur travail quotidien : créer un enregistrement, utiliser un modèle, lier un échantillon, joindre un fichier, demander une révision, signer ou valider, et retrouver l'enregistrement ultérieurement. Dès le premier jour, vos scientifiques doivent savoir comment terminer leur travail de la semaine sans perdre de temps ni soulever de questions de conformité.

Gardez la formation au plus proche du travail réel. Une équipe d'ingénierie des protéines pourrait s'exercer à documenter la conception d'une construction, à lier des échantillons de plasmides, à joindre des résultats de séquençage et à réviser l'enregistrement finalisé. Une équipe de bioprocédés pourrait s'entraîner à lier des échantillons de culture cellulaire à des expériences de montée en échelle et à capturer les données des bioréacteurs. Une plateforme technologique pourrait s'exercer à la réception d'échantillons, à l'attribution de stockage, aux mises à jour de statut et à l'extraction de rapports.

Comment tester le nouvel ELN avant le déploiement complet ?

Testez votre nouvel ELN avec des flux de travail réels, des données migrées représentatives et les personnes qui l'utiliseront chaque semaine.

Un projet pilote doit être suffisamment restreint pour être gérable et suffisamment réaliste pour révéler les problèmes. Incluez des données d'échantillons propres ainsi que les cas complexes : noms d'échantillons en double, positions manquantes dans les congélateurs, anciens formats de fichiers, enregistrements signés, collaborateurs externes, utilisateurs inactifs, pièces jointes volumineuses, cahiers de laboratoire papier numérisés et expériences comportant de nombreux éléments liés.

Use this pilot checklist:
  • Can a scientist create a new experiment from a template?
  • Can they link the correct samples, reagents, and inventory items?
  • Can they attach images, instrument files, spreadsheets, and analysis exports?
  • Can they find a prior experiment by project, sample, protocol, owner, keyword, date, or old notebook ID?
  • Can a reviewer approve, sign, or witness the record if your workflow requires it?
  • Can permissions prevent the wrong users from editing sensitive records?
  • Can sample locations and statuses be updated without breaking traceability?
  • Can admins export or retrieve records for audit, grant, IP, or publication support?
  • Can users tell what was migrated, what was archived, and what was rebuilt?

Pour les équipes soumises à réglementation, documentez les cas de test, les résultats attendus, les résultats réels, les écarts, les correctifs et l'approbation. Pour les équipes de recherche hors cadre réglementaire, cette même habitude vous fournit un historique de projet utile et réduit l'incertitude après le lancement.

Quels sont les indicateurs de succès pour une migration vers un ELN ?

Ces indicateurs aident votre équipe à vérifier si l'adoption se concrétise dans le travail quotidien après le lancement.

Good success metrics are concrete.
  • Percentage of active users who created at least one complete experiment.
  • Number of recurring workflows converted into templates.
  • Percentage of active samples with required metadata and storage locations.
  • Number of migrated records reconciled against source data.
  • Average time to find a sample, protocol, or prior experiment.
  • Number of support issues by category: access, template setup, migration, training, integrations, or data cleanup.
  • Percentage of completed records reviewed, signed, or archived according to your policy.
  • Percentage of legacy notebooks indexed and retrievable by project, owner, site, date range, or study.

Qu'est-ce que SciSure peut apporter à une transition vers un ELN ?

SciSure peut être une option solide lorsque vous avez besoin de support à la mise en œuvre, ELN connecté, LIMS, gestion des échantillons, inventaire, autorisations, signatures et flux de travail prêts pour l'audit, le tout sur une seule plateforme. Vous devez tout de même évaluer chaque plateforme en fonction des flux de travail de votre laboratoire, de votre cadre réglementaire, de vos besoins informatiques, des risques liés à la migration et des exigences d'adoption par les utilisateurs. La meilleure option est celle dont la plateforme et l'équipe de mise en œuvre peuvent vous aider à passer de dossiers dispersés à des flux de travail exploitables et fiables.

Avec SciSure, vous bénéficiez de fonctionnalités ELN éprouvées telles que la documentation des expériences, la collaboration en temps réel, les modèles d'expérience, la recherche avancée, l'intégration d'instruments, les flux de validation, le contrôle de version, les paramètres variables, l'accès mobile, le support et la formation, ainsi qu'un accompagnement réglementaire pour les normes GxP et FDA 21 CFR Part 11 via SciSure ELN. Vous pouvez également lier vos expériences à vos échantillons et à votre inventaire, joindre des fichiers, des images et des jeux de données, et gérer des rôles et des autorisations configurables.

SciSure ELN experimental template

Avec SciSure LIMS, vous pouvez gérer les échantillons, l'inventaire, l'équipement, les unités de stockage, les flux de commandes, les étiquettes codes-barres, les champs personnalisés, l'historique des échantillons, les mises à jour par lots et les liens entre échantillons et expériences. Pour la planification de la transition, cela est crucial lorsque les difficultés rencontrées avec votre ancien ELN sont liées à la traçabilité des échantillons, à la recherche dans les congélateurs, au statut de l'inventaire ou à des feuilles de calcul manuelles.

Inventory management in the SciSure LIMS platform

Pour la planification de la transition, l'avantage pratique de SciSure réside dans le processus de mise en œuvre autour de la plateforme. La combinaison de l'intégration, de la mise en œuvre technique, du support à la migration, de la formation des utilisateurs clés et de celle des utilisateurs finaux permet aux laboratoires de passer du stade « nous avons exporté des dossiers » à « les scientifiques peuvent utiliser le nouveau flux de travail ».

La leçon à retenir pour une transition vers un ELN est précise : commencez par le goulot d'étranglement que votre équipe ressent déjà. Si les scientifiques perdent du temps à chercher des échantillons, commencez par le nettoyage et la traçabilité des échantillons. Si les protocoles varient d'une personne à l'autre, commencez par les modèles et les méthodes versionnées. Si le service qualité peine à examiner les dossiers terminés, commencez par les signatures, les validations et les pistes d'audit. La mise en œuvre réussit lorsque le premier flux de travail prouve sa valeur sur le terrain.

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Que faire de l'ancien ELN après le déploiement ?

Après le déploiement, conservez l'ancien ELN comme source contrôlée de dossiers historiques jusqu'à ce que les exigences en matière de conservation, d'audit, de propriété intellectuelle et de récupération soient satisfaites. Maintenez l'ancien système sous contrôle une fois que les utilisateurs commencent à travailler sur le nouveau. Déterminez la durée pendant laquelle il restera accessible, qui pourra y accéder, si les utilisateurs peuvent le modifier, et comment les dossiers seront exportés ou archivés. Votre plan de conservation doit tenir compte des dossiers de subventions, du support aux publications, des preuves de brevets, des études réglementées, des changements de personnel, de la politique institutionnelle et des exigences propres au site.

Si vous maintenez les deux systèmes actifs trop longtemps, les utilisateurs risquent de diviser leur travail et de créer un nouveau problème de traçabilité. Si vous fermez l'ancien système sans plan de récupération, vous risquez de perdre un contexte nécessaire ultérieurement. Visez une fenêtre de transition claire et une archive documentée.

Comment savoir si votre transition vers un ELN fonctionne ?

Votre transition vers un ELN est réussie lorsque les scientifiques peuvent effectuer leur travail courant dans le nouveau système, retrouver l'ancien contexte si nécessaire et se fier aux dossiers lors de l'examen, de la réutilisation ou de l'audit. Observez ces signes dans vos flux de travail quotidiens :

You know your ELN transition is working when...
  • Scientists create complete experiment records without reverting to side spreadsheets.
  • Samples are searchable by ID, metadata, storage location, owner, or project.
  • Protocol templates are reused instead of recreated from memory.
  • Attachments and instrument outputs are stored or linked where reviewers expect them.
  • Reviewers can see who changed a record, when, and why.
  • New team members can follow a workflow without asking who built the old folder structure.
  • Lab managers can answer sample, inventory, and equipment questions without opening five separate files.
  • Compliance or QA stakeholders can retrieve evidence without rebuilding a timeline from emails.

L'état final doit être concret. Un scientifique doit pouvoir reproduire un flux de travail. Un responsable de laboratoire doit pouvoir localiser un échantillon. Un réviseur doit pouvoir se fier aux enregistrements. Un administrateur doit pouvoir contrôler les accès. Un futur collaborateur doit pouvoir comprendre ce qui a été fait sans avoir à retrouver la personne à l'origine du travail.

FAQ : que doivent savoir les laboratoires avant de migrer vers un ELN ?

Utilisez ces réponses pour mettre en phase les utilisateurs du laboratoire, l'informatique, l'assurance qualité et la direction avant de vous engager sur un calendrier de migration.

Faut-il migrer chaque enregistrement de votre ancien ELN ?

Vous devez donner la priorité à la migration des enregistrements actifs et des données structurées qui doivent rester consultables, liées, modifiables ou exploitables. Archivez les anciens enregistrements terminés dans un format contrôlé et récupérable lorsque la migration structurée complète n'apporte aucune valeur ajoutée.

Comment migrer 15 ou 20 ans de cahiers de laboratoire papier ?

Commencez par inventorier les propriétaires des cahiers, les plages de dates, les projets, les sites, les besoins en matière de conservation et la priorité de numérisation. Ensuite, numérisez les cahiers à plus forte valeur ajoutée, indexez-les avec des métadonnées consultables, préservez l'intégrité au niveau des pages et connectez l'archive aux projets actifs ou aux enregistrements d'échantillons si nécessaire. Ne promettez pas que chaque page historique sera convertie en données structurées propres. Pour de nombreux laboratoires, l'approche la plus sûre consiste à combiner une archive numérique contrôlée et une migration structurée pour les enregistrements actifs, les échantillons, les protocoles et les jeux de données à haute valeur.

Quels services de migration aident à répondre aux attentes de la FDA, de la MHRA et de l'EMA ?

Recherchez des services incluant la planification de la migration, l'inventaire des données sources, la cartographie des données, les tests d'importation validés, les journaux de rapprochement, la gestion des exceptions, la conception du contrôle d'accès, la révision des signatures et des pistes d'audit, la planification de l'archivage et la validation documentée. Les attentes de la FDA, de la MHRA et de l'EMA/UE reviennent toutes à la même question pratique : votre laboratoire peut-il prouver que les enregistrements sont fiables, complets, traçables, sécurisés et récupérables après le transfert ?

Combien de temps prend une transition vers un ELN ?

Le calendrier dépend du volume de données, de la qualité des données, de la taille de l'archive papier, de la portée réglementaire, des intégrations, des besoins de validation et du nombre d'équipes ou de sites concernés. Un projet pilote limité peut démarrer plus rapidement qu'une migration à l'échelle du laboratoire, car il suffit de définir le premier flux de travail, le premier ensemble de modèles, le premier jeu de données d'échantillons et le premier groupe d'utilisateurs pour valider l'approche.

Quel est le plus grand risque lié à la migration des données ?

Le plus grand risque est la perte des relations entre les enregistrements. Une entrée de cahier peut toujours exister après la migration, mais elle perd sa valeur si l'échantillon lié, la version du protocole, la pièce jointe, la signature, le réviseur, le résultat de l'instrument ou l'emplacement de stockage sont manquants.

Que faut-il prendre en compte avant de passer à un ELN alimenté par l'IA ?

Avant d'adopter un ELN alimenté ou assisté par l'IA, assurez-vous que vos enregistrements sources sont structurés, soumis à des autorisations, traçables et vérifiables par l'humain. L'IA ne peut aider que si les données sous-jacentes disposent d'identifiants d'échantillons, de versions de protocoles, de métadonnées, de pièces jointes et d'une provenance fiables. Pour les laboratoires réglementés ou soumis à des audits, les résultats de l'IA ne doivent pas remplacer les enregistrements sources contrôlés, la révision humaine ou les processus de tenue des dossiers validés.

Quelles options d'ELN sans code sont importantes pour les flux de travail pharmaceutiques ?

Pour les flux de travail pharmaceutiques, donnez la priorité aux modèles d'expérience configurables, aux champs personnalisés, aux types d'échantillons, aux plans de stockage, aux flux de travail d'approbation, aux autorisations, aux signatures, aux flux de travail de codes-barres, aux importations et aux pistes d'audit. Ces contrôles sans code ou à faible code aident les administrateurs à prendre en charge des flux de travail complexes tels que l'exécution d'essais, la réception d'échantillons, la synthèse, les tests de stabilité, la formulation, la révision et la validation sans avoir à créer de logiciel personnalisé pour chaque processus.

Quelles normes faut-il prendre en compte avant de changer d'ELN ?

Quand envisager une solution combinant ELN et LIMS plutôt qu'un ELN seul ?

Envisagez une solution combinant ELN et LIMS lorsque la documentation de vos expériences dépend fortement du suivi des échantillons, de l'inventaire, du stockage, de l'équipement, du statut des commandes, du codage-barres ou des flux de travail par lots. Si votre principale difficulté consiste à localiser le bon échantillon, à prouver sa traçabilité, à gérer l'emplacement des congélateurs ou à relier les matériaux aux résultats, un flux de travail connecté entre ELN et LIMS peut réduire les réconciliations manuelles.

Que demander à un fournisseur d'ELN avant de signer ?

Demandez comment le fournisseur gère la migration des données, les dossiers papier, les liens avec les échantillons, les pièces jointes, les modèles, les autorisations, les pistes d'audit, les signatures, la formation, le support, les preuves de validation, les intégrations, les sauvegardes, les archives historiques et l'adoption par les utilisateurs après le déploiement. Demandez des exemples basés sur vos propres flux de travail et la structure de vos données.

Si votre ELN actuel rend difficile la recherche de dossiers, le suivi des échantillons, la standardisation des protocoles, la révision des travaux terminés ou la préparation aux audits, le coût du statu quo se fait déjà sentir de diverses manières. Une transition réfléchie vous permet de résoudre ces problèmes flux de travail par flux de travail.

Si vous vous préparez à migrer depuis un autre ELN, des cahiers de laboratoire papier ou des systèmes de recherche obsolètes, réservez une démo de SciSure pour discuter de l'étendue de la migration, du support à l'implémentation, de la traçabilité des échantillons et de la planification de l'adoption pour votre laboratoire.

En savoir plus:

Si Benchling est le système que vous remplacez ou que vous évaluez, consultez notre comparatif des alternatives à Benchling avant de planifier votre migration.

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If you're replacing an electronic lab notebook, the risky work is preserving the context that makes each record useful later: the sample, protocol version, attachment, instrument output, reviewer, signature, timestamp, storage location, and decision trail.

That context matters for daily lab work and for larger expectations around data integrity, reproducibility, audit readiness, funding, and electronic recordkeeping. For example:

You don't need to move everything at once. But you do need a structured transition plan that starts with the workflows people already use, proves the new system with real records, and gives scientists a reason to trust the change.

Read MoreThe 5 Best Electronic Lab Notebooks (ELN) in 2026 Ranked by Ease-of-Use & ROI: Based on Real User Reviews

Why do ELN transitions fail?

ELN transitions fail when teams move records before they define the context underlying them, i.e. the workflows, data relationships, ownership, validation checks, and training plan behind those records.

A thin migration plan usually sounds simple: export data from the old ELN, import it into the new one, train users, and go live. In practice, labs get stuck because the old system contains more than notebook entries. It contains partially documented workarounds, folder structures, naming habits, spreadsheet trackers, freezer maps, instrument files, PDF exports, permissions, and local knowledge from the people who kept the system usable.

Common failure points during an ELN transition.
  • Migrating old content without deciding which records still need to be searchable, editable, signed, archived, or retained.
  • Importing samples before cleaning names, IDs, storage locations, aliases, ownership, and material status.
  • Rebuilding every old workflow instead of improving the workflows that caused daily friction.
  • Training users on menus and features instead of the experiment, sample, and review tasks they perform each week.
  • Treating compliance as a final check instead of a design requirement for records, signatures, permissions, retention, and audit trails.
  • Skipping a pilot with real data, then discovering after go-live that attachments, protocol versions, sample links, or former user records are missing.

The better path is to treat your ELN transition as a lab workflow project. You're deciding how your team will document experiments, connect samples to results, preserve supporting files, review completed work, and find evidence later.

What should you audit before leaving your current ELN?

Before leaving your current ELN, audit the records, samples, protocols, files, users, permissions, integrations, paper archives, and compliance requirements that need to survive the move.

Start with a practical inventory. A spreadsheet is fine if that is the fastest way to gather the facts. The point is to surface hidden dependencies before they surprise you halfway through migration.

Capture these categories:

What to audit before transitioning from one ELN to another
Section Title What it covers
1 Experiments Active projects, completed studies, notebook entries, folder structures, record owners, signatures, and witness status.

Example: a CRISPR screen with linked plate maps, raw images, and reviewer comments.
2 Paper notebooks Notebook owner, date range, project, page count, location, retention requirement, and scan priority.

Example: 15 years of medicinal chemistry notebooks across three research sites.
3 Protocols Current versions, retired versions, SOP links, recurring templates, and approval status.

Example: a stability assay protocol that changed twice during a grant period.
4 Samples Sample IDs, aliases, material type, storage unit, rack, box, position, lineage, freeze-thaw history, and owner.

Example: cell lines stored across two freezers with duplicate spreadsheet IDs.
5 Attachments Instrument files, images, PDFs, spreadsheets, analysis exports, and file naming patterns.

Example: HPLC files saved outside the ELN but referenced in experiment notes.
6 Users and access Active users, alumni, collaborators, reviewers, admins, and role permissions.

Example: a former postdoc who owns records that still need to be searchable.
7 Integrations Instruments, APIs, file sync, barcode workflows, identity provider, and reporting tools.

Example: a balance, plate reader, or sequencing workflow feeding files into shared storage.
8 Compliance Retention rules, electronic signatures, audit trails, validation needs, and Part 11, GxP, GLP, or GMP scope.

Example: QA needing proof of who changed a record and when.

Also ask users where they work outside the current ELN. Many migrations miss the real record because the day-to-day workflow is split across Excel sheets, freezer notebooks, OneNote pages, PDFs, email approvals, local instrument computers, and shared folders.

For multi-site migrations, add site-level detail. A three-site research organization should know which site owns which notebooks, which sample naming rules differ by site, which labs need local admin support, and which historical records must be available during the cutover.

How should you decide what to migrate, archive, or rebuild?

Decide record by record whether content should be migrated as structured data, archived as a preserved record, or rebuilt as a better workflow template in the new ELN. This keeps the transition practical. A full-fidelity migration of every old field can consume months and still recreate messy workflows. A selective migration lets you preserve what matters, retire what is no longer active, and turn common work into better structures.

You can use three buckets.

Migrate, archive, or rebuild: How to decide?
Section Bucket Use it for
1 Migrate as structured data Active work, reusable sample records, ongoing studies, and records that need search, links, permissions, or reporting. Example: active oncology experiments with samples that need to stay linked to storage locations and results.
2 Archive as read-only history Completed work that must be retained but does not need to become a live workflow. Example: signed legacy notebook entries exported as PDFs with an index, checksum record, and retrieval owner.
3 Rebuild as templates Repeating workflows that were inconsistent, hard to review, or difficult to search in the old system. Example: a qPCR workflow rebuilt with required fields for sample ID, primer lot, plate map, instrument file, and reviewer.

For active projects, make sure to prioritize the records and data objects that scientists will need in the first 30 to 90 days: current protocols, active sample sets, freezer locations, open studies, recent experiments, high-value attachments, and approval workflows.

For older records, make sure to preserve retrievability. Your team should know where the record lives, what it contains, who owned it, when it was exported, which system it came from, and how to retrieve it during an audit, manuscript review, grant report, IP review, or internal investigation.

What migration services should you look for when moving from paper, spreadsheets, or a legacy ELN?

Look for migration services that cover discovery, paper digitization, data extraction, field mapping, sample cleanup, pilot import, validation, compliance documentation, user training, and controlled archive planning.

If you have 15 or 20 years of paper notebooks and legacy records, the migration service matters as much as the target ELN. You need help turning historical material into a controlled record set without pretending every page can become perfectly structured data.

Useful migration services include:

  • Migration discovery.
    Inventory systems, paper archives, sample trackers, attachments, signatures, retention needs, and site-level differences before configuration begins.
  • Paper digitization and indexing.
    Scan notebook pages, capture metadata such as notebook owner, project, date range, page range, site, and retention category, and create a retrieval index.
  • Data extraction and mapping.
    Map old ELN fields, spreadsheet columns, sample IDs, aliases, protocol names, and file references into the new system's structure.
  • Sample and storage cleanup.
    Standardize sample types, freezer locations, box positions, ownership, material status, barcode values, and lineage before import.
  • Historical archive design.
    Preserve older records as read-only exports when structured migration carries more cost or risk than day-to-day value.
  • Pilot migration.
    Import a representative dataset first, including awkward records such as duplicate sample names, missing storage locations, large attachments, inactive users, and signed records.
  • Validation and reconciliation.
    Compare source and target counts, attachments, sample links, metadata, timestamps, signatures, permissions, and exception logs.
  • Compliance package support.
    Document migration decisions, test evidence, deviations, approvals, and retention strategy so QA, IT, and auditors can review the process.
  • Training and adoption support.
    Train scientists by workflow, appoint lab champions, and keep a support cadence after go-live.

For an AI-enabled or AI-ready ELN, historical data integrity becomes even more important. AI outputs are only useful if the source records are structured, attributable, access-controlled, and human-verifiable. Before you use any AI layer for search, summarization, protocol drafting, or analysis support, make sure your migration preserves provenance, canonical sample IDs, protocol versions, and file context. The NIST AI Risk Management Framework can help teams think about AI governance, but regulated labs still need the underlying electronic records to stand up to FDA, MHRA, EMA/EU, or internal quality expectations.

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Moving from paper notebooks, spreadsheets, or a legacy ELN?
SciSure helps you map your records, plan a phased migration, and gives your scientists a workflow they can trust before go-live.
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Comment garantir l'intégrité des données lors d'une migration vers un ELN ?

Vous pouvez protéger l'intégrité des données en prouvant que les enregistrements migrés restent complets, exacts, attribuables, lisibles, traçables et récupérables après le transfert.

C'est là que les normes deviennent concrètes. 21 CFR Part 11 exige des pistes d'audit sécurisées, générées par ordinateur et horodatées pour les enregistrements électroniques concernés, ainsi que des contrôles d'accès afin que seules les personnes autorisées puissent consulter, modifier ou signer les enregistrements. Les recommandations de la FDA sur les systèmes électroniques, les enregistrements électroniques et les signatures électroniques dans les essais cliniques visent à déterminer si les enregistrements et signatures électroniques peuvent être considérés comme des équivalents fiables aux documents papier et aux signatures manuscrites. Le guide de la FDA sur l'intégrité des données pour les BPF des médicaments met l'accent sur la fiabilité et l'exactitude des données, avec des stratégies fondées sur les risques pour prévenir et détecter les problèmes d'intégrité.

Pour les environnements GxP au Royaume-Uni, le guide de la MHRA sur l'intégrité des données GxP est utile car il articule l'intégrité des données autour de leur cycle de vie complet.

Pour les environnements BPF de l'UE, l'Annexe 11 des BPF de l'UE est particulièrement pertinente lors d'une migration, car elle stipule que la validation doit inclure des vérifications garantissant que la valeur ou la signification des données n'est pas altérée lors de leur transfert vers un autre format ou système.

Pour la recherche clinique, ICH E6(R3) Bonnes Pratiques Cliniques est également pertinent car il renforce la mise en place de systèmes adaptés, une gestion de la qualité proportionnée et la fiabilité des dossiers d'essais.

Build these expectations into your migration checks:
  • Compare source and target record counts for experiments, samples, files, protocols, users, and archived notebooks.
  • Spot-check high-value records against the old ELN or scanned paper source, including attachments and linked samples.
  • Verify sample IDs, aliases, storage locations, parent-child relationships, and material status.
  • Confirm whether signatures, witness status, approval history, timestamps, and audit trails are migrated, archived, or retained in the legacy export.
  • Record which data was excluded, why it was excluded, who approved the decision, and where the record remains available.
  • Keep a migration log with export dates, import dates, responsible owners, exceptions, fixes, and sign-off.
  • Test retrieval with realistic prompts such as “find the experiment that used sample ABC-104 before the March 2024 protocol change” or “show all records linked to this freezer box before it was moved.”

Si votre laboratoire n'est pas soumis aux réglementations Part 11, BPL, BPF ou BPC, ces contrôles restent essentiels. Ils vous évitent de perdre le contexte scientifique, d'utiliser le mauvais échantillon, de citer un protocole obsolète ou de passer des heures à prouver qu'un enregistrement est bien celui que vous pensez.

Comment élaborer une stratégie numérique et de gestion des échantillons avant le déménagement ?

Élaborez une stratégie numérique et de gestion des échantillons en définissant la manière dont les échantillons, les métadonnées, les protocoles, les expériences, les fichiers et les accès au système doivent être connectés avant de configurer le nouveau cahier de laboratoire électronique (ELN). Idéalement, planifiez ces éléments avant la configuration logicielle. Dans un laboratoire réel, les expériences sont rarement isolées. Elles dépendent d'échantillons, de réactifs, de lignées cellulaires, d'anticorps, de plasmides, de colonies de souris, de boîtes de congélation, d'instruments, de fichiers de résultats et de personnes qui en connaissent l'historique.

Your sample strategy should answer:

  • Which sample types do you manage: cell lines, plasmids, proteins, antibodies, compounds, patient-derived materials, tissue, DNA, RNA, controls, reference materials, or environmental samples?
  • Which metadata fields are required for each type: source, passage, concentration, lot, storage temperature, hazard class, owner, project, consent restriction, expiration date, or chain-of-custody status?
  • Which identifiers should become canonical: old ELN ID, LIMS ID, barcode, freezer label, vendor lot, internal sample name, or study ID?
  • Which storage locations need cleanup before import: freezers, racks, boxes, shelves, rooms, instruments, off-site storage, or third-party repositories?
  • Which samples need lineage: parent material, aliquots, derivatives, pooled samples, generated strains, or downstream production batches?

Your digital strategy should answer:

  • How should projects, studies, experiments, protocols, datasets, and folders be named?
  • Which workflows should become templates because people repeat them every week?
  • Which files should be attached directly to records, and which should be linked from controlled storage?
  • Which users should be able to create, edit, review, sign, witness, archive, restore, or export records?
  • Which integrations matter now, and which can wait until the core workflow is stable?

C'est également ici que la préparation à l'IA pour l'avenir devient concrète. Si vos enregistrements ELN utilisent des identifiants d'échantillons cohérents, des versions de protocoles, des métadonnées obligatoires et des pièces jointes exploitables, votre équipe sera mieux armée pour réutiliser les données ultérieurement. Les principes FAIR commencent au moment où vous déterminez si un futur scientifique pourra retrouver et comprendre l'enregistrement.

Comment la configuration sans code peut-elle réduire les risques liés à la migration ?

La configuration sans code réduit les risques de migration lorsque votre équipe peut créer des modèles, des champs, des rôles, des types d'échantillons et des flux de travail d'approbation basés sur le travail réel en laboratoire, sans attendre un développement logiciel sur mesure.

Pour les équipes de découverte de médicaments, de recherche translationnelle et de biologie de plateforme, la question est souvent d'ordre pratique : les scientifiques et les administrateurs peuvent-ils configurer des flux de travail complexes sans développement informatique lourd ?

Look for ELN options that let you configure:
  • Experiment templates for recurring assays, synthesis workflows, cell culture processes, stability studies, and sample intake.
  • Required fields for sample IDs, reagent lots, protocol versions, plate maps, concentrations, storage conditions, and reviewer notes.
  • Role-based permissions for scientists, lab managers, QA, collaborators, IT, and former users.
  • Review, approval, signature, and witness workflows for records that need formal sign-off.
  • Sample types, custom sample fields, storage maps, barcode labels, batch updates, and parent-child relationships.
  • Imports from spreadsheets and legacy systems with field mapping and reconciliation.

Un ELN configurable nécessite tout de même une discipline de mise en œuvre. Si chaque groupe de laboratoire invente ses propres règles de nommage et ses propres modèles, le nouveau système risque de reproduire l'ancien désordre dans une interface plus propre. Utilisez la configuration pour standardiser les parties du flux de travail qui nécessitent une traçabilité, tout en laissant aux scientifiques suffisamment de flexibilité pour documenter la recherche réelle.

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Ready to turn repeated lab workflows into structured, searchable records?
Explore SciSure ELN and SciSure LIMS to see how templates, permissions, sample management, barcodes, approvals, and linked experiment records can support a cleaner migration.
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Comment planifier la mise en œuvre pour favoriser l'adoption du nouvel ELN par les scientifiques ?

Planifiez la mise en œuvre autour de responsables désignés, d'étapes clés progressives, de flux de travail réels, de tests de migration et d'une formation basée sur les rôles, plutôt que de miser sur une date de lancement unique.

N'importe quel fournisseur d'ELN peut réaliser une démonstration. Une transition réussie dépend du processus de mise en œuvre qui accompagne le logiciel. Votre plan doit définir qui est responsable de chaque décision, ce qui doit être configuré en priorité, comment la migration sera testée, qui valide les étapes, et comment les scientifiques seront accompagnés une fois qu'ils commenceront à utiliser le système.

A practical implementation plan includes:

  • Project setup: Name the project leader, system owner, lab champions, IT contact, QA or compliance contact, and key users from each site or group.
  • Workflow mapping: Pick the first workflows to configure, such as sample intake, experiment documentation, protocol reuse, assay results, review, and sign-off.
  • Configuration: Build projects, studies, templates, sample fields, storage locations, permissions, naming rules, and approval workflows.
  • Test migration: Import a small, representative dataset before the main migration. Include active experiments, samples, attachments, paper scans, and edge cases.
  • User acceptance: Ask scientists to complete real tasks and report friction before go-live.
  • Training: Train users by role and workflow, not by feature list.
  • Go-live support: Set a clear support channel, response owner, escalation path, and weekly review cadence for the first month.

Avec SciSure, le support à la mise en œuvre peut inclure un accompagnement pour constituer une équipe projet, établir un plan de projet, définir des jalons, nommer des utilisateurs clés et créer un calendrier de formation. Notre équipe d'intégration peut prendre en charge la migration de données structurées depuis vos ELN existants, vos feuilles de calcul et vos dossiers papier via le SciSure ELN. C'est essentiel, car on demande aux scientifiques de faire confiance à une nouvelle méthode d'enregistrement de leurs travaux.

À quoi ressemble concrètement la mise en œuvre pour les laboratoires de recherche ?

Dans les environnements de recherche, une mise en œuvre réussie repose sur un déploiement par phases, des référents locaux, une formation pratique et un support de configuration suffisant pour que les scientifiques puissent intégrer le système à leur travail quotidien.

L'Institut Pasteur, par exemple, a évalué plus de 20 ELN à travers 12 départements de recherche, impliquant des scientifiques de près de 50 unités dans le choix final. Le déploiement a été organisé en quatre vagues, avec des présentations, des réunions de suivi, des points d'étape, des ateliers et des sessions de formation mensuelles pour accompagner l'adoption par le personnel et les installations.

La leçon à retenir est claire : une grande organisation de recherche doit prévoir des vagues de déploiement, un support adapté aux rôles et des utilisateurs locaux capables d'adapter le système à la manière dont chaque laboratoire enregistre ses expériences, échantillons, protocoles et fichiers.

Institut Pasteur's digital transformation in numbers, with SciSure

Comment former les utilisateurs sans ralentir les expériences en cours ?

Formez les utilisateurs sur les tâches précises nécessaires à leur travail quotidien : créer un enregistrement, utiliser un modèle, lier un échantillon, joindre un fichier, demander une révision, signer ou valider, et retrouver l'enregistrement ultérieurement. Dès le premier jour, vos scientifiques doivent savoir comment terminer leur travail de la semaine sans perdre de temps ni soulever de questions de conformité.

Gardez la formation au plus proche du travail réel. Une équipe d'ingénierie des protéines pourrait s'exercer à documenter la conception d'une construction, à lier des échantillons de plasmides, à joindre des résultats de séquençage et à réviser l'enregistrement finalisé. Une équipe de bioprocédés pourrait s'entraîner à lier des échantillons de culture cellulaire à des expériences de montée en échelle et à capturer les données des bioréacteurs. Une plateforme technologique pourrait s'exercer à la réception d'échantillons, à l'attribution de stockage, aux mises à jour de statut et à l'extraction de rapports.

Comment tester le nouvel ELN avant le déploiement complet ?

Testez votre nouvel ELN avec des flux de travail réels, des données migrées représentatives et les personnes qui l'utiliseront chaque semaine.

Un projet pilote doit être suffisamment restreint pour être gérable et suffisamment réaliste pour révéler les problèmes. Incluez des données d'échantillons propres ainsi que les cas complexes : noms d'échantillons en double, positions manquantes dans les congélateurs, anciens formats de fichiers, enregistrements signés, collaborateurs externes, utilisateurs inactifs, pièces jointes volumineuses, cahiers de laboratoire papier numérisés et expériences comportant de nombreux éléments liés.

Use this pilot checklist:
  • Can a scientist create a new experiment from a template?
  • Can they link the correct samples, reagents, and inventory items?
  • Can they attach images, instrument files, spreadsheets, and analysis exports?
  • Can they find a prior experiment by project, sample, protocol, owner, keyword, date, or old notebook ID?
  • Can a reviewer approve, sign, or witness the record if your workflow requires it?
  • Can permissions prevent the wrong users from editing sensitive records?
  • Can sample locations and statuses be updated without breaking traceability?
  • Can admins export or retrieve records for audit, grant, IP, or publication support?
  • Can users tell what was migrated, what was archived, and what was rebuilt?

Pour les équipes soumises à réglementation, documentez les cas de test, les résultats attendus, les résultats réels, les écarts, les correctifs et l'approbation. Pour les équipes de recherche hors cadre réglementaire, cette même habitude vous fournit un historique de projet utile et réduit l'incertitude après le lancement.

Quels sont les indicateurs de succès pour une migration vers un ELN ?

Ces indicateurs aident votre équipe à vérifier si l'adoption se concrétise dans le travail quotidien après le lancement.

Good success metrics are concrete.
  • Percentage of active users who created at least one complete experiment.
  • Number of recurring workflows converted into templates.
  • Percentage of active samples with required metadata and storage locations.
  • Number of migrated records reconciled against source data.
  • Average time to find a sample, protocol, or prior experiment.
  • Number of support issues by category: access, template setup, migration, training, integrations, or data cleanup.
  • Percentage of completed records reviewed, signed, or archived according to your policy.
  • Percentage of legacy notebooks indexed and retrievable by project, owner, site, date range, or study.

Qu'est-ce que SciSure peut apporter à une transition vers un ELN ?

SciSure peut être une option solide lorsque vous avez besoin de support à la mise en œuvre, ELN connecté, LIMS, gestion des échantillons, inventaire, autorisations, signatures et flux de travail prêts pour l'audit, le tout sur une seule plateforme. Vous devez tout de même évaluer chaque plateforme en fonction des flux de travail de votre laboratoire, de votre cadre réglementaire, de vos besoins informatiques, des risques liés à la migration et des exigences d'adoption par les utilisateurs. La meilleure option est celle dont la plateforme et l'équipe de mise en œuvre peuvent vous aider à passer de dossiers dispersés à des flux de travail exploitables et fiables.

Avec SciSure, vous bénéficiez de fonctionnalités ELN éprouvées telles que la documentation des expériences, la collaboration en temps réel, les modèles d'expérience, la recherche avancée, l'intégration d'instruments, les flux de validation, le contrôle de version, les paramètres variables, l'accès mobile, le support et la formation, ainsi qu'un accompagnement réglementaire pour les normes GxP et FDA 21 CFR Part 11 via SciSure ELN. Vous pouvez également lier vos expériences à vos échantillons et à votre inventaire, joindre des fichiers, des images et des jeux de données, et gérer des rôles et des autorisations configurables.

SciSure ELN experimental template

Avec SciSure LIMS, vous pouvez gérer les échantillons, l'inventaire, l'équipement, les unités de stockage, les flux de commandes, les étiquettes codes-barres, les champs personnalisés, l'historique des échantillons, les mises à jour par lots et les liens entre échantillons et expériences. Pour la planification de la transition, cela est crucial lorsque les difficultés rencontrées avec votre ancien ELN sont liées à la traçabilité des échantillons, à la recherche dans les congélateurs, au statut de l'inventaire ou à des feuilles de calcul manuelles.

Inventory management in the SciSure LIMS platform

Pour la planification de la transition, l'avantage pratique de SciSure réside dans le processus de mise en œuvre autour de la plateforme. La combinaison de l'intégration, de la mise en œuvre technique, du support à la migration, de la formation des utilisateurs clés et de celle des utilisateurs finaux permet aux laboratoires de passer du stade « nous avons exporté des dossiers » à « les scientifiques peuvent utiliser le nouveau flux de travail ».

La leçon à retenir pour une transition vers un ELN est précise : commencez par le goulot d'étranglement que votre équipe ressent déjà. Si les scientifiques perdent du temps à chercher des échantillons, commencez par le nettoyage et la traçabilité des échantillons. Si les protocoles varient d'une personne à l'autre, commencez par les modèles et les méthodes versionnées. Si le service qualité peine à examiner les dossiers terminés, commencez par les signatures, les validations et les pistes d'audit. La mise en œuvre réussit lorsque le premier flux de travail prouve sa valeur sur le terrain.

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Que faire de l'ancien ELN après le déploiement ?

Après le déploiement, conservez l'ancien ELN comme source contrôlée de dossiers historiques jusqu'à ce que les exigences en matière de conservation, d'audit, de propriété intellectuelle et de récupération soient satisfaites. Maintenez l'ancien système sous contrôle une fois que les utilisateurs commencent à travailler sur le nouveau. Déterminez la durée pendant laquelle il restera accessible, qui pourra y accéder, si les utilisateurs peuvent le modifier, et comment les dossiers seront exportés ou archivés. Votre plan de conservation doit tenir compte des dossiers de subventions, du support aux publications, des preuves de brevets, des études réglementées, des changements de personnel, de la politique institutionnelle et des exigences propres au site.

Si vous maintenez les deux systèmes actifs trop longtemps, les utilisateurs risquent de diviser leur travail et de créer un nouveau problème de traçabilité. Si vous fermez l'ancien système sans plan de récupération, vous risquez de perdre un contexte nécessaire ultérieurement. Visez une fenêtre de transition claire et une archive documentée.

Comment savoir si votre transition vers un ELN fonctionne ?

Votre transition vers un ELN est réussie lorsque les scientifiques peuvent effectuer leur travail courant dans le nouveau système, retrouver l'ancien contexte si nécessaire et se fier aux dossiers lors de l'examen, de la réutilisation ou de l'audit. Observez ces signes dans vos flux de travail quotidiens :

You know your ELN transition is working when...
  • Scientists create complete experiment records without reverting to side spreadsheets.
  • Samples are searchable by ID, metadata, storage location, owner, or project.
  • Protocol templates are reused instead of recreated from memory.
  • Attachments and instrument outputs are stored or linked where reviewers expect them.
  • Reviewers can see who changed a record, when, and why.
  • New team members can follow a workflow without asking who built the old folder structure.
  • Lab managers can answer sample, inventory, and equipment questions without opening five separate files.
  • Compliance or QA stakeholders can retrieve evidence without rebuilding a timeline from emails.

L'état final doit être concret. Un scientifique doit pouvoir reproduire un flux de travail. Un responsable de laboratoire doit pouvoir localiser un échantillon. Un réviseur doit pouvoir se fier aux enregistrements. Un administrateur doit pouvoir contrôler les accès. Un futur collaborateur doit pouvoir comprendre ce qui a été fait sans avoir à retrouver la personne à l'origine du travail.

FAQ : que doivent savoir les laboratoires avant de migrer vers un ELN ?

Utilisez ces réponses pour mettre en phase les utilisateurs du laboratoire, l'informatique, l'assurance qualité et la direction avant de vous engager sur un calendrier de migration.

Faut-il migrer chaque enregistrement de votre ancien ELN ?

Vous devez donner la priorité à la migration des enregistrements actifs et des données structurées qui doivent rester consultables, liées, modifiables ou exploitables. Archivez les anciens enregistrements terminés dans un format contrôlé et récupérable lorsque la migration structurée complète n'apporte aucune valeur ajoutée.

Comment migrer 15 ou 20 ans de cahiers de laboratoire papier ?

Commencez par inventorier les propriétaires des cahiers, les plages de dates, les projets, les sites, les besoins en matière de conservation et la priorité de numérisation. Ensuite, numérisez les cahiers à plus forte valeur ajoutée, indexez-les avec des métadonnées consultables, préservez l'intégrité au niveau des pages et connectez l'archive aux projets actifs ou aux enregistrements d'échantillons si nécessaire. Ne promettez pas que chaque page historique sera convertie en données structurées propres. Pour de nombreux laboratoires, l'approche la plus sûre consiste à combiner une archive numérique contrôlée et une migration structurée pour les enregistrements actifs, les échantillons, les protocoles et les jeux de données à haute valeur.

Quels services de migration aident à répondre aux attentes de la FDA, de la MHRA et de l'EMA ?

Recherchez des services incluant la planification de la migration, l'inventaire des données sources, la cartographie des données, les tests d'importation validés, les journaux de rapprochement, la gestion des exceptions, la conception du contrôle d'accès, la révision des signatures et des pistes d'audit, la planification de l'archivage et la validation documentée. Les attentes de la FDA, de la MHRA et de l'EMA/UE reviennent toutes à la même question pratique : votre laboratoire peut-il prouver que les enregistrements sont fiables, complets, traçables, sécurisés et récupérables après le transfert ?

Combien de temps prend une transition vers un ELN ?

Le calendrier dépend du volume de données, de la qualité des données, de la taille de l'archive papier, de la portée réglementaire, des intégrations, des besoins de validation et du nombre d'équipes ou de sites concernés. Un projet pilote limité peut démarrer plus rapidement qu'une migration à l'échelle du laboratoire, car il suffit de définir le premier flux de travail, le premier ensemble de modèles, le premier jeu de données d'échantillons et le premier groupe d'utilisateurs pour valider l'approche.

Quel est le plus grand risque lié à la migration des données ?

Le plus grand risque est la perte des relations entre les enregistrements. Une entrée de cahier peut toujours exister après la migration, mais elle perd sa valeur si l'échantillon lié, la version du protocole, la pièce jointe, la signature, le réviseur, le résultat de l'instrument ou l'emplacement de stockage sont manquants.

Que faut-il prendre en compte avant de passer à un ELN alimenté par l'IA ?

Avant d'adopter un ELN alimenté ou assisté par l'IA, assurez-vous que vos enregistrements sources sont structurés, soumis à des autorisations, traçables et vérifiables par l'humain. L'IA ne peut aider que si les données sous-jacentes disposent d'identifiants d'échantillons, de versions de protocoles, de métadonnées, de pièces jointes et d'une provenance fiables. Pour les laboratoires réglementés ou soumis à des audits, les résultats de l'IA ne doivent pas remplacer les enregistrements sources contrôlés, la révision humaine ou les processus de tenue des dossiers validés.

Quelles options d'ELN sans code sont importantes pour les flux de travail pharmaceutiques ?

Pour les flux de travail pharmaceutiques, donnez la priorité aux modèles d'expérience configurables, aux champs personnalisés, aux types d'échantillons, aux plans de stockage, aux flux de travail d'approbation, aux autorisations, aux signatures, aux flux de travail de codes-barres, aux importations et aux pistes d'audit. Ces contrôles sans code ou à faible code aident les administrateurs à prendre en charge des flux de travail complexes tels que l'exécution d'essais, la réception d'échantillons, la synthèse, les tests de stabilité, la formulation, la révision et la validation sans avoir à créer de logiciel personnalisé pour chaque processus.

Quelles normes faut-il prendre en compte avant de changer d'ELN ?

Quand envisager une solution combinant ELN et LIMS plutôt qu'un ELN seul ?

Envisagez une solution combinant ELN et LIMS lorsque la documentation de vos expériences dépend fortement du suivi des échantillons, de l'inventaire, du stockage, de l'équipement, du statut des commandes, du codage-barres ou des flux de travail par lots. Si votre principale difficulté consiste à localiser le bon échantillon, à prouver sa traçabilité, à gérer l'emplacement des congélateurs ou à relier les matériaux aux résultats, un flux de travail connecté entre ELN et LIMS peut réduire les réconciliations manuelles.

Que demander à un fournisseur d'ELN avant de signer ?

Demandez comment le fournisseur gère la migration des données, les dossiers papier, les liens avec les échantillons, les pièces jointes, les modèles, les autorisations, les pistes d'audit, les signatures, la formation, le support, les preuves de validation, les intégrations, les sauvegardes, les archives historiques et l'adoption par les utilisateurs après le déploiement. Demandez des exemples basés sur vos propres flux de travail et la structure de vos données.

Si votre ELN actuel rend difficile la recherche de dossiers, le suivi des échantillons, la standardisation des protocoles, la révision des travaux terminés ou la préparation aux audits, le coût du statu quo se fait déjà sentir de diverses manières. Une transition réfléchie vous permet de résoudre ces problèmes flux de travail par flux de travail.

Si vous vous préparez à migrer depuis un autre ELN, des cahiers de laboratoire papier ou des systèmes de recherche obsolètes, réservez une démo de SciSure pour discuter de l'étendue de la migration, du support à l'implémentation, de la traçabilité des échantillons et de la planification de l'adoption pour votre laboratoire.

En savoir plus:

Si Benchling est le système que vous remplacez ou que vous évaluez, consultez notre comparatif des alternatives à Benchling avant de planifier votre migration.

About the author:

Ethan Sagin

Ethan Sagin is Director of Customer Engagement for North America at SciSure, the scientific management platform formed by the 2024 merger of eLabNext and SciShield. He joined eLabNext in 2020 as the company's first global customer success hire, supporting over 200 labs across the Americas single-handedly before growing and leading a regional team. In subsequent roles, he introduced eLabNext's first standardized onboarding program, redesigned the renewal pipeline, and served as developer consultant for more than 50 customers and partners building integrations with the platform. He was also a member of the core integration team that merged eLabNext and SciShield. Ethan combines a hands-on background in web development with a customer success practice grounded in cross-functional collaboration between engineering and commercial teams.

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