CloneAssist - BETA
In eLabNext integrierte molekularbiologische Funktionen zur Unterstützung molekularbiologischer Forschungs- und Prozessentwicklungslabore
CloneAssist wurde entwickelt, um Molekularbiologen dabei zu unterstützen, ihre Workflow-Funktionen mit Sequenzanalysen, Anmerkungen, Tracking und Berichten zu erweitern.
eLabNext sucht Benutzer, die daran interessiert sind, Betatester dieses Add-ons zu werden, um Feedback für Funktionsverbesserungen zu sammeln. Als Betatester erhalten Benutzer eine erweiterte einjährige kostenlose Testversion von CloneAssist. Bei der Vollversion wird CloneAssist als kostenpflichtiges Add-on angeboten.
Die wichtigsten Funktionen von CloneAssist — Überblick
1). Nahtlos in eLabNext integriert
- Die Datei wird in einem CloneAssist-Abschnitt gespeichert und eine Vorschau von CloneAssist wird angezeigt, während der Benutzer nicht daran arbeitet.
- Benutzer können jetzt in einem Experiment einen CloneAssist-Abschnitt erstellen.
2). Plasmid-Visualisierung
- Die Datendatei wird jetzt als Plasmid visualisiert. Hier werden alle Merkmale, Primer, offenen Leserahmen und Restriktionsenzyme angezeigt, sodass Sie die für Ihre Forschung relevantesten Teile leicht visualisieren können.
3). Gelelektrophorese
- Durch das Schneiden Ihrer Sequenz mit Restriktionsenzymen erhalten Benutzer verschiedene Fragmente, die häufig durch Gelelektrophorese verifiziert werden.
- CloneAssist bietet eine Visualisierung der Gelelektrophorese mit verschiedenen Markern.
- Das Gel kann eine oder mehrere Mehrfachreaktionen in einer Ansicht zeigen.
4). Schneiden Sie einfach Moleküle mit bestimmten Restriktionsenzymen ab und wenden Sie die Ergebnisse dann auf neue Moleküle an
- Wenn Sie Ihrem Röhrchen ein oder mehrere Restriktionsenzyme hinzufügen, können Benutzer direkt sehen, wie viele Schnitte das Restriktionsenzym in den Molekülen macht.
- Die Ergebnisse zeigen alle Fragmente, die bei der Schneidreaktion entstanden sind.
5). Visualisieren Sie sowohl die linearen als auch die kreisförmigen Sequenzen
- Wenn Sie eine Auswahl treffen oder ein interessantes Feature auswählen, werden die Ansichten synchronisiert.
6). Fügen Sie benutzerdefinierte Funktionen hinzu
- Fügen Sie der Sequenz Ihre benutzerdefinierten Funktionen hinzu, indem Sie den Mauszeiger über das Ende Ihrer Auswahl bewegen und auf „+ Funktion“ klicken.
7). Arbeite an mehreren Reaktionen gleichzeitig
- Es können mehrere Röhrchen erzeugt werden, um eine Reaktion durchzuführen. Sie können gleichzeitig geöffnet oder zur späteren Verwendung zusammengeklappt werden.
8). Mehrere Import-/Exportoptionen
- Wenn Sie einen neuen CloneAssist-Abschnitt starten, können Sie Daten aus verschiedenen Formaten wie Snapgene (.dna), GenBank (.gb), CloneManager (.cm5) und fasta (.fasta) importieren.
- Moleküle können als Bild (.png) exportiert werden.
9). Filtern Sie die Elemente nach den Bedürfnissen Ihres Labors
- Visualisierungen werden so erstellt, dass sie den Bedürfnissen der Benutzer entsprechen. Beispiel: Wenn der Benutzer nur an den Restriktionsenzymen interessiert ist, die das Molekül zerschneiden können, kann er alle anderen Visualisierungsoptionen deaktivieren.
- Es ist auch möglich, nur bestimmte Funktionen ein-/auszublenden.
10). Die Sequenzvisualisierung zeigt sehr detailliert, wie der DNA/RNA-Strang aufgebaut ist
- Linear View bietet detailliertere Informationen, z. B. die tatsächliche Sequenz.
- Wenn Benutzer mit der Maus über ein Enzym fahren, können sie die Schnittstellen sehen.
Key Features & Benefits
- Seamless integration with SciSure
Create a dedicated CloneAssist section within experiments. Files are saved automatically, with previews available when not actively editing. - Plasmid visualization
View sequence data as interactive plasmid maps, including features such as primers, open reading frames, restriction enzymes, and annotations—making it easy to understand construct design at a glance. - Linear and circular sequence views
Switch between linear and circular representations. Views stay synchronized, allowing smooth navigation when selecting features or regions of interest. - Restriction enzyme analysis
Apply restriction enzymes to sequences and immediately see cutting sites, fragment counts, and resulting fragments. - Gel electrophoresis visualization
Simulate gel electrophoresis results for one or multiple reactions, supporting verification of restriction digests and experimental planning. - Work with multiple reactions simultaneously
Create and manage multiple tubes for parallel reactions. Tubes can be opened side by side or collapsed for later use. - Custom feature annotation
Add your own features directly to sequences to reflect lab-specific elements or experimental details. - Flexible import and export options
Import sequences from common formats including SnapGene (.dna), GenBank (.gb), CloneManager (.cm5), and FASTA (.fasta). Export molecules as image files (.png) for reporting or sharing. - Customizable visualizations
Filter displayed elements to match your workflow—for example, showing only restriction enzymes or hiding non-relevant features. - Detailed sequence inspection
Explore DNA or RNA sequences in detail, including base-level views and enzyme cutting sites revealed on hover.
Ideal For
- Molecular biology and cloning labs
- Researchers working with plasmids and sequence-based constructs
- Teams looking to centralize sequence analysis within their digital lab environment
Use Cases
More add-ons and integrations
Amass
Connect your experiments to the wider scientific evidence and decide what to test next
SciSure MCP
Connect the AI environment your organization chooses with permitted scientific information in SciSure.
BioSkepsis
Every experiment ends with one question: what to run next. BioSkepsis answers it inside SciSure, from what the published evidence actually shows, so your next move rests on the literature, not a hunch.
